tiistai 14. toukokuuta 2013

you say tomato - i say Solanum lycopersicum

Lajien nimeäminen ja tunteminen on hyvin tärkeä osa biologin ammattitaitoa. Lajejen pänttääminen on monista hyvin tylsää puuhaa. Lisäksi asiaan tuo mutkia se, että usein kohteita kutsutaan arkinimillä. Ja samalla lajilla voi olla useita eri arkikäytössä olevia nimiä. (Vaskitsaa voidaan kutsua vaskikäärmeeksi.) Ja joskus taas tilanne on juuri päin vastoin ja yhden arkinimen takana on useitakin eri lajeja.

Lisäksi mutkia matkaan tuovat viralliset nimet. Esimerkiksi kontiaisen virallinen nimi oli aikaisemmin maamyyrä, mutta nimeämistä haluttiin muuttaa koska nimi harhaanjohti uskomaan yhteyden myyriin vaikka maamyyrä ei ole myyrä (vähän samaan tapaan kuin delfiini ei ole kala, mutta pienemmin). Tämänlainen nimeämiskikkailu on kuitenkin monesti lähinnä rasittavaa snobismia, sillä tieteessä on käytössä tieteellinen nimi. Ne taas muuttuvat vähemmän kuin äidinkielen sensoreiden vaatimukset siitä saako ylioppilaskirjoituksissa kirjoittaa maamyyrästä vai onko pakko käyttää kontiaisnimeä vaikka se tuntuukin kielen päällä jonkun mielikuvitusolennon hieman nöyryyttävältä nimeltä. (Kammottava Jar Jar Binks -nimi on se. Jar Jar Binks taas on Stephen Spielbergin kammottavin aivopieru jonka olemassaolo pitäisi kieltää. Kieltää! Ei ole huumoria se kyllä!)

Siksi on olemassa taksonomia. Se on tieteenala joka hoitaa lajien nimeämisen ja tunnistamisen systemaattisesti, tavalla joka sitoo ne oleellisesti ja kuitenkaan ei äidinkielensensorimaisesti luontoon. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä että heille asioiden tieteelliset nimet ovat kaiken ytimessä ja kaikki puheet kontiaisista ja maamyyristä ovat itse asiassa vain semanttista saivartelua. Heille arkinimet ovat vain sitä varten että halutaan tulla ymmärretyksi myös arkielämässä ja tieteenteon ulkopuolella. (Jos pyydät kaupasta Solanum lycopersicumia, et saa ainuttakaan tomaattia. Saatana vaikka kolmeen kertaan pyytäisit. Äimistelee vain kauppias ja sitten jos hermostut kun kärsivällisyys loppuu, tuovat vartijat. Perkele! Takahuoneeseen vievät. Valvontakameran sammuttavat. Pamputtavat.) Ja itse asiassa tätä alaa taas ei voi ymmärtää norsunluutornista. Ja tämä blogaus on tarina tästä norsunluutornissa olemattomuudesta.
1: Joku voi pahastua koska taksonomia tekee muutakin kuin määrittelee lajeja ja niiden nimeämisiä. Näin onkin. Oleellista on nyt vain se, että taksonomian yksi tärkeä peruskysymys ja toistuva aihe on lajirajan määritteleminen ja hakeminen, ihan jotta on jotain systematisoitavaa ja järjesteltävää. En tee tästä aihetta joka käsittelee taksonomian A:sta Öhön. Aiheena on norsunluutornius. Pahastumisessa ei siis ole järkeä.

Pömpöösin tieteenfilosofian romahdus.

Tieteenfilosofian trendejä seuratessa on huomattavissa vahva muutos siihen suuntaan, että ei enää luoda suuria kaikenkattavia normatiivisia tieteenfilosofian malleja. Eli tieteenfilosofit eivät enää ole Popperin kaltaisia systemaatikkoja jotka määrittävät kaikkia tieteenaloja hallitsevia sääntöjä. Tieteen suurten linjojen puheet tuppaavat olemaan deskriptiivisiä, eli ne kuvaavat tehtyä tiedettä. Esimerkiksi postmoderni maailmankuva peräti korostaa että normatiivista mallia ei edes ole ja selittää tiedettä kuvailemalla sitä ihmisten vallankäytön ja yhteisöllisyyden käsittein. Toisaalta normatiivista tieteenfilosofiaa on yhä olemassa, mutta se onkin sitten enemmän alakohtaista erityisfilosofiaa. Eli vaikkapa biologian filosofiaa.

Tässä on tietyllä tavalla taustalla se, että käytännöllisyys on livahtanut tieteenfilosofian osaelementiksi. Toki Popperkaan ei ollut mikään arjesta paennut norsunluutornissa asuva akateemikko vaan hänellä oli käsityöläisammattitaitoa. (Hän oli puuseppä, joka tiemmä kelpasi ammattina jopa Jeesukselle.) Sen sijaan itse kyseisen alan tieteen tekeminen on tullut mukaan.

Käytännön puolelta saakin usein hyviä ideoita ja sitä kautta voidaan korostaa jotain huomioita maailmasta. Esimerkiksi lontoon Natural History Museumissa minulla oli laatuaikaa tutkijan kanssa. Natural History Museum osallistuu ahkerasti etenkin biodiversiteettitutkimukseen. Tämä ei ole yllättävää koska sillä on suuret kokoelmat eliöitä. Ne toimivat oleellisen tärkeänä viitepohjana tälle alalle. Tätä kautta esimerkiksi taksonomia pyörii kuvioissa.

Taksonomiaa taas on teoreettisessa mielessä aina vaivannut pieni omituisuus. Se on ollut häiritsevästi mukana aina. Jopa itse suuri Linné ajautui tähän omituisuuteen ja harjoitti sitä. Se on nimittäin se, että laji määritellään lisääntymisyksikkönä ja populaationa. Mutta laji perustellaan lajiksi ulkonäön kautta. ; Kun avaat kasvikirjan, se ei pidä sisällään risteytyskoeperusteluja ja siihen liittyviä kuvauksia. Myös asiat kuvaillaan omaksi lajiksi kuvaamalla sen erityispiirteitä ja niiden kasautuminen riittäväksi on usein pääsyy sille että jokin perustellaan lajiksi. Puhtaasti teoreettisessa mielessä asiassa ei tunnu olevan paljon järkeä ; Lajiksi perustellaan usein määritelmällisesti "irrelevantein syin".

Miksi ei lisääntymisen vaan ulkonäön kautta?

Kuitenkaan Linné ei ollut idiootti. Tosiasiassa ulkonäkö liittyy lajiuteen siinä mielessä että tiedämme ilman risteytyskokeitakin että karhu ei vain yksinkertaisesti uskottavasti lisäänny oravan kanssa. Ja vaikka lajin A ja B kanssa ei tehtäisi risteyttämiskokeita ja yrityksiä luoda hybridejä, voimme itse asiassa jo tehdyistä havainnoista ennustaa että ulkonäköön ja rakenteeseen viittaavissa analyyseissä laji on taatusti myös lisääntymismielessä laji "viimeistään jossain siellä heimorajan kohdalla".

Tähän liittyen onkin olemassa hyvin vahvoja käytännöllisiä syitä jotka korostavat "ulkonäköanalyysiä" lajiperusteluna. (Ja ulkonäkö täytyy tässä ottaa hyvin abstraktisti. Teknisesti siinä on mukana myös sisäelimien rakenteen analyysi, jota tarvitaan monesti esimerkiksi koevoluution aikaansaamien samannäköisten piirteiden kanssa. Samanlaista rakennetta ei todellakaan aina tuoteta samanlaisilla osilla ja samoilla geeneillä.) Siksi taksonomien tutkimuksen ytimessä ovatkin näytteet joita verrataan. Eli varastossa on tallessa tieteellisellä nimellä varustettu nimilappu ja esimerkkieliö. Ja löydettyjä lajeja sitten vain verrataan siihen. Risteytyskokeet vaativat eläviä ja sukukypsiä yksilöitä. Se, että taksonomien arkisto koostuisi tälläisestä eläintarhasta muuttaisi tutkimusbudjetit tähtitieteellisen suuriksi - niin suuriksi että tutkimusala käytännössä kuivaisi hengiltä. Siksi ulkonäköön viittaaminen on perusteltua.

Vaikeudet ovat hanskattavaksi. (Osuva kritiikki ei ole samaa kuin falsifionti.)

Tässä tapahtuu tietysti monenlaisia vaikeuksia ja mutkia.
1: Menneisyydessä ongelmana on ollut esimerkiksi se, että monien lajien koiraat ja naaraat näyttävät hyvin erilaisilta. Siksi niitä on määritelty eri lajeiksi. Nykyään geenien tutkimus paljastaa helposti että niissä on sukupuolieroja kromosomistossa ja tätä kautta ne jäävät helpommin "kiikkiin", mutta tätä sekaantumista voi tapahtua nykyäänkin. Samoin joskus joku etologi havaitseekin että eri lajeiksi määritellyt ovat lisääntyneet ja tuottaneet hybridejä, jolloin syntyy lähinnä alalaji. Tälläisissä tapauksissa lajien määrä tietysti pienenee. (Ei siksi että eläimiä ja lajeja kuolisi vaan siksi että eri lajeja määrittyy samaksi lajiksi.) Tällöin taksonomit ottavat tieteenhistoriankirjansa esille ja katsovat milloin nämä lajit on määritelty ensin. Vanhempi nimi säilyy virallisena nimenä.
2: Joskus jokin relevantilta näyttävä ulkonäköpiirre onkin lajin sisäinen kuriositeetti eikä isokaan ero tarkoita lisääntymisestettä. Monien lajien alalajit ovatkin keskenään melko erinäköisiä. Ja joskus taas pienikin ero voi olla ratkaiseva. Esimerkiksi monien hyönteisten kohdalla lajit eivät lisäänny suvullisesti kirveelläkään mutta voi olla että niiden rakenne-eroista huomattavimpia ovat se, onko niillä jalassa yksi vai kaksi sukasta.
___2.1: Edes DNA -tutkimus ei tässä tapauksessa aina tuota apuja. Esimerkiksi Natural History Museumin yhdessä omassa projektissa oltiin tutkittu kahta kasvilajia ("orchids"). Ne näyttävät aika erilaisilta. Niille on jopa kansankielellä eri nimet. Ne eivät pölyty toisistaan, eli kyseessä on selkeästi eri lajeista. Erottaminen on siis helppoa ja lajiraja selvä. Projektin alkuperäisenä tavoitteena oli selvittää miten nämä eroavat toisistaan DNA:ltaan. Tutkimuksessa tämä osoittautui hyvinkin mahdottomaksi. Erot olivat hyvin pieniä. Päätelmä olikin se, että lajit olivat eriytyneet toisistaan niin vähän aikaa sitten että DNA ei ollut ehtinyt keräämään eri alleeleja niin että erot olisivat kovinkaan suuria. Tämä on tietysti siitä mielenkiintoinen havainto, että tulevaisuudessa kun geenejä voidaan tutkia paremmin, voidaan juuri näiden kautta selvittää sitä mitkä geenimuutokset ovat lajiutumisen kannalta oleellisia. Nyt tuloksena oli kuitenkin lähinnä se, että "DNA:n kautta eroa ei ole todellakaan helppoa havaita".

Moni näkee tämänlaiset asiat kritiikiksi tutkimuskäytänteelle. Sen perushenkenä on esittää että Linné oli idiootti. Valitettavasti tämä näkökulma on melko naivi. Sillä tieteellisessä mielessä - etenkin taksonomian kaltaisessa "luonnon kaiken järkyttävän monimutkaisuuden kattavan inventaarioluettelon tuottamiseen tähtäävä" tutkimusalassa ei käytännässä ole kysymys absoluuttisen lopullisen totuuden kaivamisesta vaan tiedon tarkentumisesta. Osa on toki moittinut taksonomeja siitä että he tuottavat "nojatuolilajeja" tai "syöttötuolijaleja" liian heppoisin havainnoin. He käytännössä haluisivat että jokainen lajin tunnistaminen olisi isompi tutkimusprojekti joka tehtäisiin yksin alusta loppuun. Toki tämä on ihanteellista jos tavoitteena on yksilön ahkeruuden ja asioiden loppuun asti viemisen henki. Mutta käytännössä on kuitenkin usein perusteltua ja järkevääkin tehdä ositettua tutkimusta. Iso projekti kun arvioidaan helpommin "kokonaisuutena" ja tällöin toimivatkin osat voivat mennä suden ja sekundan mukana. Täydentymisnäkökulmassa nähdään että tiedeyhteisö tähtää yhteivoimin samaa tavoitetta kohden. Tällöin osatutkimuksia voidaan jakaa. Tieto saadaan myös nopeasti esiin. Lisäksi taksonomien riesana on usein uudet havainnot. Niitä ei voi ennakoida. Se, että joku näkee jossain syvänmeren syvänteessä kun kaksi eri lajia hybridoivat on jotain jota ei voi täysin ennakoida. Eli jossain määrin mikään määrä tutkimusta ei tuota sitä vaadittua absoluuttia. (Britanniassa tämänlainen ajattelutapa on tietysti jopa suosittua. Heillä on setelissäkin henkilö joka keksi että neuloja voidaan valmistaa massatuotannolla nopeasti ja megatarkasti kun tekeminen eriteltiin niin että yksi ihminen teki vain yhtä osa-aluetta spesifisti.)

Joskus ei vain voi.

Lisäksi tutkimuksessa on joskus rajoitteita. Ideaalitapauksessa tutkijoilla on varastossa useita kappaletta samaa lajia. Tällöin tutkijat voivat ottaa näytekappaleen esille ja kirurgisesti leikellä sitä jotta esimerkiksi elimistöä voidaan tutkia. Tätä yritetään vieläpä laajentaa siten, että samasta lajista olisi esimerkkinäytteitä molemmista sukupuolista ja eri ikäisistä yksilöistä. Näin tutkija voi periaatteessa aina kun näkee väitteen uuden lajin löytämisestä mennä varastoihin penkomaan ja sopivasti paljastaa että "olette erehtyneet, löytämänne uusi laji onkin oikeasti vain tämän ja tämän lajin tietynlainen yksilö." Tällöin "lajilöytö" tietysti pyyhitään pois. (Tätä tapahtuu globaalilta kannalta tarkastellen kohtuullisen usein, lajeja on kaiken kaikkiaan niin paljon, että tämänlaisiin asioihin on vain totuttava.)

Kuitenkin joskus tässäkin tulee seiniä vastaan. Joskus esteet muistuttavat peräti arkeologiasta tuttuja vaikeuksia ; Arkeologien päänvaivana on se että joskus kaivauksia ei voida tehdä koska se tuhoaisi kaivauspaikan.

Tämänlainen tilanne on ollut Natural History Museumilla melko tuoreesti. (Ja itse asiassa melko medianäkyvästi koska "New Scientist" -lehti uutisoi siitä.) Oli nimittäin tutkimusprojekti joka koski Canis antartcticus -sutta. Tämä on jo sukupuuttoon kuollut laji. Itse Charles Darwin ennusti kyseisen lajin sukupuuttoa vieraillessaan Falklandilla. Hän näki kyseisen susilajin yksilöitä elävänä. Tämä on siitä onnekasta, sillä Darwin sattui olemaan naturalisti ja hän keräsi eläinlajeista näytteitä. Näin kyseinen lajikin on vielä tutkittavissa. Näytteet olivat hyvin taidokkaasti rakennettuja. (Darwin näytti tässä kohden hyvää tiedemiesammattitaitoa. Tämänlainen "virtuositeetti" ei vain tuppaa saamaan arvostusta teoreettisten ajattelukykyjen rinnalla vaikka käytännössä tutkimustyö vaatiikin usein molempia puolia.)

Ongelmana on tietysti se, että sisäelimiä ei ole, joten tämänlainen tutkimus on mahdotonta. Mutta projekti keskittyikin DNA:han. Joka on siitä kätevä, että sitä näyteyksilöllä oli tarjottavanaan. ; Kun Natural History Museumin näyteyksilö haluttiin mukaan tutkimusprojektiin, sen erityisvaatimuksena olikin se että näytettä ei saa vahingoittaa. Tämä oli estänyt tavallisen DNA -näytteenottamisen. Museo siis katsoi että näyteyksilö oli niin harvinainen että oli arvokkaampaa säilyttää se ehjänä kuin antaa siitä tämänlaista tietoa. ; Onneksi kyseisestä yksilöstä saatiin DNA näyte, koska sen leukaluun kohdalla oli pikkuruinen reikä, jota kautta saatiin näyte verisuonen sisäpuolelta. Yhdistettynä muista museoista haettujen DNA -otosten kanssa, saatiin tietoa tämän perimästä. Kysymys oli kuitenkin onnenkantamoisesta ja oli aivan relevantti mahdollisuus että näytteitä ei oltaisi saatu.

Loppukaneetti : Miten denialismi syyttää norsunluutorneilusta vaikka sen kannattajat itse ovat norsunluutorniuden ytimessä.

Tämänkaltaiset asiat eivät yleensä ole sellaisia joita tieteenfilosofeille tulisi mieleen nojatuolissa istuskellen. Käytännön puoli nostaa aina esiin jotain. Normatiivinen malli nojaa usein loogisiin seurauksiin ja niissä tutkimuslaitteisto on ideaali. Tämä tuottaa helposti malleja jotka toimisivat "jos käytössä olisi nykyistä parempi superteknologia ja jos käytössä olisi rajaton tutkimusbudjetti". Käytännössä tämänlaista projektia ei voida tehdä.

Tätä kautta onkin hyvä huomata että eri tieteenaloihin spesifioituminen ei yleensä täysin unohda esimerkiksi perustelujen loogisuuden kaltaisia vaatimuksia. Falsifiointi -termikin saattaa (tällä hetkellä hieman vanhakantaisesti) vilahtaa biologianfilosofin esityslistoilla. Sen sijaan niissä on käytännön rajoitteiden huomioimista. Sitä miten havaittu ongelma - kuten "laji määritellään lisääntymisen kautta mutta ei usein perustella ja tunnisteta lisääntymistutkimuksen kautta vaan ulkonäköön viitaten" - ei tarkoitakaan sitä että koko tutkimusala on sutta, sekundaa ja hoopoutta. Biologian filosofian päätehtävänä onkin keksiä ja kehittää kikkoja joilla näiden ongelmien tuomat haitat tulosten luotettavuuteen saadaan minimoitua. (Ei siis eliminoitua vaan nimen omaan minimouitua. Kyse on parhaasta mahdollisesta perustelusta, ei täydellisestä ja lopullisesta totuudesta.)

Itse asiassa tätä kautta voidaan huomata sellainenkin piirre, että moni pseudotiede - ja etenkin denialistinen linjama - on omituisessa tilanteessa. Se kun moittii erilaisia tieteenaloja holokaustintutkimuksesta evoluutioteorian kautta ilmastonmuutokseen. Ja nämä moitteet syyttävät näitä jonkinlaiseksi "aukkoisiksi huijauksiksi" jotka olisivat aivan selvästi nähtävissä jos ollaan "norsunluutornin ulkopuolella". Kuitenkin näiden kritiikkejen ytimessä on yleensä jotain sellaista joka käytännön puolella on hanskattavissa oleva ongelma. Itse asiassa tyypilliseti nämä ongelmat ovat alan erikoisasiantuntijoiden tietämiä. Ja pseudotieteilijä on itse asiassa usein kaivanut ne niistä. - Ja usein pitää sitä että erikoisasiantuntijat tuntevat tämän ongelman merkkinä tietoisesta huijauksesta.
1: Joku pahastuu koska heistä pseudotiede ei ole oikeiden ongelmien tunnistamista. Muistutan että tätä ei pidä ymmärtää väärin. En väitä että kaikki denialismi ja pseudotiede on tätä. Väitän että hienostuneimmillaan, laadukkaimmillaan ja parhaimmillaan pseudotiede ja denialismi on tätä. Huonoimmillaan se on sitä että keksitään hatusta ongelmia jotka eivät pidä paikkaansa, rakennetaan asioita puhtaasti asiavirheisiin ja perseillään aivan totaalisesti. Itse asiassa väitän että pseudotiede on vain harvoin ja vaivoin näin hyviä. Mutta parhaimmillaan he ovat tätä. Ja jos he eivät ole tätä, se ei ole enää pseudotiedettä ja denialismia vaan osa tieteellistä kritiikkiä. 

Denialistien ja/tai/eli pseudotieteilijöiden logiikka on siis hyvin sama sen kanssa että väittäisi Linnétä idiootiksi ja taksonomiaa ytimeltään epäonnistuneeksi kun siinä "lajeja perustellaan jollain karvojenlaskennalla eikä tehdä kunnon risteyttämiskokeita vaikka laji ei ole ulkonäkökysymys vaan lisääntymisasia ihan määritelmällisestikin". Eli tiedetyt ja hanskatut ongelmat nähdään tieteenalan ytimet repiväksi ja sen tuhoavaksi voimaksi. Ja tämän jälkeen nähdään että ainut mikä pitää tätä yllä on norsunluutornissa elämisen tuottama kupla ja vallankäyttö ja huijaus. (Joten he ovat tieteelle samaa kuin Jar Jar Binks on huumorille.)

Ei kommentteja: