Kaikki kauheat muodot

Tämän seksin teille tarjosi ampiainen!

Mimicry -ilmiö tarkoittaa yksinkertaisesti sitä, että laji voi hämätä ulkonäöllään siten että se muistuttaa jotain toista lajia. Näin esimerkiksi kukkakärpänen joka matkii ampiaisten varoitusvärejä, hyötyy värityksestä juuri samalla tavalla kuin ampiainenkin - ilman että sen tarvitsee olla yhtä pistävä tai myrkyllinen. Ampiaisen kannattaa tietysti kantaa turvavärejä koska silloin saalistajat näkevät että se on myrkyllinen ja silloin aseistusta ei tarvitse edes käyttää. Kukkakärpänen voi hyötyä tästä ja harjoittaa vapautuvalla ajallaan sitä mitä riviampiaiset tavallisesti eivät tee. Eli seksiä.

Olen tässä kohden käsitellyt mimicryä käyttäen esimerkkeinä Henry Walter Batesin muotoilemaa selitystä mimicryn takana ; Hänen teoriansa voisi tiivistää teemaan "lammas susien vaatteissa" -mallista. Kuitenkin on myös muunlaista mimicryä. Blogaukseni kannalta on tarpeellista tuoda esiin Friz Müllerin mallintama mimicry, jossa takana on yhteishyöty; Tällöin kyseessä on tilanne, jossa kaksi tai useampia lajeja omaavat jonkun yhdistävän piirteen joka tekee niistä haitallisia saalistajille. Näiden ulkonäkö saattaa alkaa muistuttamaan yhä enemmän toisiaan. Hyöty tulee siitä että yhteinen signaali tehostaa esimerkiksi saalistajien kykyä yhdistää tietynlainen haitta saaliiseen. Näin molemmat hyötyvät myös sen toisen lajin vaarallisuudesta.

Batesin mimicryssä "huijaus" ei hyödytä matkittavaa, vaan päinvastoin. ; Siinä imitoitu muoto vaikuttaa todennäköisyyteen jolla saalistajan kannattaa iskeä kohteeseen vaikka sillä on varoitusvärit. Jos aitoa riskiä imitoiva laji yleistyy liikaa, riskiä ei ole. Batesin mallisessa maailmassa myös ampiaiset voivat kärsiä siitä että kaikkialla on liikaa kukkakärpäsiä, koska hyönteisiä syövät linnut ja vastaavat huomaavat että kirkkaisiin väreihin on helppoa iskeä ja luvassa on herkkupala.

Itse asiassa Müllerin mimicry onkin harjoittajalleen evolutiivisesti hyödyllisempää, sillä se vahvistaa itseään. Olen kuitenkin yleensä avannut ilmiötä Batesin mallin kautta koska se on arkijärjen kannalta paljon helpommin tajuttava. Mimicry on luonnossa sen verran yleistä, että itse asiassa on olemassa nippuja joissa on useita lajeja joissa tapahtuu sekä Batesin että Müllerin mallista mimicryä sekaisin ja näin syntyy iso kasa taksonomin kannalta inhottavia lajeja (mimicry ring) jotka muistuttavat toisiaan.

Mimicryn ajatus on hyvin yksinkertainen, ja arkijärjelläkin tajuttava. Sen vaikeutena on kuitenkin se, että milloin samannäköisyys johtuu mistäkin. Ja tämä tuottaakin vaikeuksia. Mimicry -ilmiötä tapahtuu, mutta se sekoittuu helposti aivan toisenlaisiin asioihin.
1: Samannäköisyys on tavallista lähisukuisilla lajeilla. Tällöin luonnonvalinta ei tarjoa mitään syytä samannäköistymiseen. Lajiutuminen voi itse asiassa olla erottamassa lajeja ulkonäöllisesti toisistaan. Tällöin kyseessä ei ole mimicry.
2: Samannäköisyys voi johtua konvergentista evoluutiosta. Esimerkiksi se, että delfiinit muistuttavat monilta piirteiltään kaloja ei johdu mimicrystä vaan elinolosuhteista. Evolutiivisesti kaukaistakin sukua olevat voivat olla rakenteiltaan samansuuntaisia, mutta kyseessä ei siltikään ole mimicry.
3: Yhdennäköisyys voi olla aivan puhdasta sattumaa. Esimerkiksi jos perhoslajeilla on paljon erilaisia kuviointeja, ei voi olla niin että jos yksi niistä sattuu muistuttamaan toista, että kyseessä olisi automaattisesti mimicry. Ihminen kuitenkin helposti ylinäkee sattuman taakse isompia syitä. Ja tämänlainen ylitulkinta on itse asiassa hyvinkin helppoa. Samannäköisyydestä vaikkapa myrkyllisen eläimen kanssa ei voida tehdä suoraa päätelmää mimicrystä, koska se on ajatteluvirheenä vähän sama kuin se, että näkisi Jumalallista merkitystä siitä että osalla perhosista on kirjaimien ja kirjoitusmerkkien näköisiä kuvioita siivissään ; Helposti unohtuu että juuri siksi että erilaisia siipikuvioita on runsaasti, ei ole ihme että tälläisiä löytyy. Tarpeettomaan synkronisiteettiin ei ole tarvetta.
4: Samannäköisyys voi johtua myös mimicrystä.

"Non-Darwinian views on evolution" kirjoitti mimicrystä perhosilla. Vaikka nimi voi kuulostaa kreationistiselta, kyseinen teksti on kuitenkin kaikkea muuta. Se itse asiassa korostaa sitäkin, mihin neutraaliteorian kannattajana panostan melko usein. Eli siihen että sattumalta samannäköisyys tulkitaan aivan liian helposti mimicryksi. Ihminen siis ikään kuin kokee että sattuma olisi jotenkin epätieteellinen tai huono selitys. Päin vastoin, monesti tilastolliseksi latistaminen on nimenomaan tieteelliseltä kannalta se oikea ratkaisu! Gould moitti aikanaan siitä että adaptationistit aivan liian helposti kehittelevät "just so -storyja", jotka vain selittävät miten tilanne voisi olla luonnonvalinnan aikaansaannosta.

Teksti tuo esille mimicryn todistamiseen liittyviä hankaluuksia ja hämärryksiä
1: Kuten sen että joillain lajeilla naaraat näyttävät erilaisilta kuin koiraat. Silloin vain naaraita tai koiraita suojaa mimicryn vaikutus. "Males of Perrhybris Pyrrha are white, whereas males of Dismorphia astynome have white spots on their hind wings. The question is why natural selection has not acted on them. Males of other species in the mimicry ring look like females e.g. protected. Yet we can see that some species may thrive with males not being protected at all: So called “female limited mimicry” - dimorphic female (top) and male (bottom) of Perrhybris pyrrha."
2: Monesti mimicry torjutaan ikään kuin vain siksi että ne ovat läheistä sukua ja näin mimicry redusoituu lähinnä "lajit näyttävät samalta vaikka eivät ole läheistä sukua" -mallin taakse. "It is important to notice that mimicry is supposed to exist only between unrelated taxa. No one will be surprised seeing two closely related species looking alike (for instance tiger and leopard, family Felidae). There are plenty of cases where butterflies of non-overlapping and distant regions look similar. Their similarity is explained by their relatedness and not by convergent evolution driven by natural selection." Tosin tässä kohden olen hieman kirjoittajaa lievemmällä linjalla. Sillä kun alussa listasin eri syitä mimicrylle, halusin esittää ne ikään kuin vaihtoehtoja joita punnitaan. Jos jokin kohta vahvistuu, se muuttuu vahvemmaksi suhteessa muihin selityksiin. Näin lähisukuisuus ei siis itse asiassa estä mimicryä suoraan, se vain vahvistaa sen vaihtoehtoista teoriaa ja tekee siitä relevantimman ja näin se toimii ikään kuin mutkan kautta mimicry -selitystä vastaan. 
3: Sattuma ja perhosten siipien värityksen syntyprosessiin voi liittyä rajoituksia jotka johtavat samanlaisten muotojen ja piirteiden syntymiseen. "the coloration and pattern types on insects are often recurring phenomena. The resemblance repeats. Why there should be a different explanation for some arbitrary chosen resemblances than for thousands of other patterns and coloration?"

Tämä ei tietysti ole samaa kuin luonnonvalinnan tai mimicryilmiön totaalikieltämistä ; Gouldkin korosti että luonnonvalintaa tapahtuu ja että sen perustelu vain pitäisi tehdä paremmin. Että ei pitäisi vain olettaa että joka ikinen piirre olisi toimiva. (Adaptationistit ja kreationistit ovatkin tässä kohden samaa mieltä ; Molempia ärsyttää jos selittää että jollain rakenteella ei ole funktiota.) Siksipä pidän "Non-Darwinian view on Evolution"in esittämää kysymyslistaa tärkeinä - joskin suhtaudun niihin hieman leppeämmin. (Puheet luonnonvalinnasta mimicryn yhteydessä on relevantti koska mimicry on yksi tapa olla adaptiivinen luonnonvalinnan synnyttämä piirre! Siksi en siirtynyt aiheesta syrjään jauhamaan luonnonvalinnasta. Se ei ole harhautuminen sivujuonteisiin ; Se on asian ytimessä.) 
"several questions must be answered before natural selection can be accepted as a plausible explanation of the phenomenon.
1) What are butterflies vision-oriented predators that select them? Do they exist?
2) Are unpalatable insects rejected by predators?
3) Are those rings maintained by natural selection or is the similarity between the species just a consequence of their relatedness?
4) Is such a coloration something that is beyond natural variation of the species?"

Mimicry on eräänlainen suojaväri, joten voinen ponnahtaa toisaalle, nimittäin koivumittareiden teollisuusmelanismiin, josta kirjoitin aiemmin. Siinäkin oleellista oli se, että luonnonvalinnan vaikutus mitattiin merkitsemis-vapautus-takaisinpyydystysmenetelmillä. Samoin mimicryssä voidaan periaatteessa tehdä samantapaisia testauksia. Koska mimicry on luonnonvalinnallinen, valintapaineen tulisi jotenkin tulla esiin. Samoin on tietysti katsottava onko suojelu todella liitoksissa turvaväriin. Jos kaksi eimyrkyllistä tai muutoin saalistajille inhottavaa lajia näyttävät toisiltaan, ei kyseessä selvästi ole mimicry.

Itse asiassa jos käytetään aloittamaani eri vaihtoehtojen listaamista, eikä oteta niitä sotkevana seikkana vaan vaihtoehtoisina selitysmalleina joiden uskottavuus painottaa kokonaisuutta, voidaan nähdä että taustalle saadaan piirteitä jotka tekevät itsekriittisen.
1: Jos kaukaiset lajit ovat samannäköisiä, on katsottava mitä ne tekevät, jotta konvergentin evoluution osuus saadaan arvioitua.
2: Jos lajit ovat lähisukuisia on yritettävä arvioida muutosten suuntia. Jos lajit erilaistuvat ei kyseessä selvästi ole mimicry.
3: Jos lajit näyttävät samalta, on arvioitava ovatko ne vaikuttaneet nyt tai historiassa samoilla alueilla. Ennen kaikkea saalistajien vaikutusalueella ; Lajeilla voi olla eri asuinpiirit, mutta jos niitä syö ja metsästää sama eläin, ne voivat olla mimicrysuhteessa. Näin ollen Jos samat saalistajat eivät ole olleet molempien lajien vaikutusalueella, eivät ne voi olla mimicry -suhteessa.
+: Mimicryllä on siis niin monta erilaista ehtoa, että se on ihan validi ilmiö. Sitä ei vain saisi torpata huolettomasti minne tahansa. Liiallinen adaptationismi, ja sen vaatiminen että kaikelle luonnossa olevalle pitäisi olla funktio on tässäkin kohden ajatussyöpä. Luonnonvalinta on totta, mutta se ei vaikuta kaikkialla. Liiallinen adaptationismi näyttääkin evoluutiossa olevan vähän sama kuin ne hurahtaneet kristityt, jotka näkevät heille henkilökohtisesti tarkoitettuja Jeesuksen merkkejä vain aivan kaikkialla kuten pilvien muodoissa, liikennemerkeissä ja CMX:än poikien kappaleissa.

Pieni ajatus : Muinaissiipinen

Mika Sipura kirjoitti lyhyen mutta mielestäni oleellisen blogauksen. Hän sanoo siinä kaiken kaikkiaan asian josta ei voi mitään ottaa pois ; "En usko evoluutiohistoriaan, vaikka uskon luonnonvalintaan. Olen lukenut hieman pettyneenä evoluutiopsykologiaa kritisoivia artikkeleita, sillä ne eivät osu lainkaan kohteeseensa. Käyttäytymisgenetiikan tukema evoluutiopsykologia on sittenkin aika vahva tieteenala. Uskon siihen. Väite miljoonien vuosien kehityksestä on paljon huterammalla pohjalla. Se nojaa fossiiliaineistoon. Ovatkohan paleontologit huomanneet miten nopeasti kivi kuluu? Mitä on enää jäljellä siitä mitä oli pari tuhatta vuotta sitten? Ymmärtävätkö he, kuinka pitkä aika on miljoona vuotta? Mitä voi olla jäljellä mistään, kun aikaa on kulunut 460 miljoonaa vuotta? Luotan siihen että muut ovat osanneet arvioida paleontologien käsityskyvyn oikein. Mutta en usko evoluutiohistoriaan."

Lause synnytti minulle nostalgisen olon. Sillä käydessäni ensimmäistä tieteenfilosofian kurssiani yliopistolla, Otto Lappi kertoi juuri siitä mikä erottaa tieteellisesti harjaantunutta mieltä muista. Hän otti esimerkiksi fossiilit. Hän selitti että tavalliset ihmiset pitävät fossiilirekordia oleellisena todistusaineistona koska se on jotain konkreettista. He itse näkevät niitä kivettymiä. Ne eivät ole abstrakteja. Joten niiden todistusarvon katsotaan olevan suuri. Toisaalta näkymätön ja abstrakti nähdään helposti "vain laskelmina" tai "vain teoriana". Tieteellinen mieli taas voi nähdä että fossiilit ovat aika heikko, viitteellinen, todistus. Enemmän aihetodiste. Ja että vakavammat todisteet ovat muualla.

Fossiilejen ongelmana on esimerkiksi se, että niitä syntyy harvoin. Näin ollen ne eivät edusta koko eliökuntaa. Toisaalta osa niistä voi tuhoutua eroosion kautta, eikä kivet suinkaan tuhoudu tasaisesti samalla tavalla kaikkialla. Syntyy alueellisia eroja. Fossiileihin ei myöskään tartu koko eliö, eli lähinnä kovat materiaalit säilyvät, eli ne eivät tallenna kaikkia säilyneen eliön piirteitä. Ja sitten ne ovat tietysti muoto, joten sukulaisuus ja samanmuotoisuus eivät ole väistämättä sama asia. Konvergentti evoluutio, eli se että samantapainen rakenne syntyy erilaisella perimällä on hyvinkin tuttu piirre luonnossa. Delfiinin evät ovat kehittyneet eläinten jaloista. Ne vain muistuttavat kalojen eviä. Samanlaisuus ei siksi suinkaan kerro läheisestä sukulaisuudesta.

Siksi esimerkiksi ihmisen käyttäytymistä ei nähdä useinkaan joksikin jota evoluution avulla voitaisiin edes tutkia. Että ruumis olisi luonnonvalinnan kohde koska se on koneistoa. Mutta mieli ei olisi. Ajatus on tietysti hieman omituinen, koska kun viimeksi katsoin, ihmisten toiminta on hyvin ihmiskeskeistä. Esimerkiksi utelias "tiedemiesäly" ei ole koskaan "bakteerikoneistossa" tai "koiran koneistossa" vaan "ihmisessä". On selvää että biologinen aivojen rakentuminen on oleellinen vähintään siihen mihin ihminen kykenee. Geenit voivatkin peräti lisätä vapautta. Näin ollen jos ihmisessä olisi vähän geenejä, se ei tarkoittaisi että ihmisellä väistämättä olisi vapaa tahto. (Pienimpigenomiset virukset eivät ole mitään omnipotentiaalia tavoittelevia vapauden suurlähettiläitä.)

Lappi huomauttikin että fossiilirekordi on ollut ylipäätään todisteena vain siksi että menneisyyttä tutkiessa on käytettävä parhaita mahdollisia metodeja. Eli ei täydellisiä metodeja, vaan niitä jotka ovat mahdollisia. Fossiilit eivät siis ole olleet hyviä. Ne ovat olleet ainoastaan jotakin. Nyttemmin vahvimmat todisteet evoluution historian kulusta ovatkin esimerkiksi abstraktin geenien järjestyksen tutkimisen -esimerkiksi nörttimäisen dataa rouskuttavan bioinformatiikan - avulla saadut tiedot. Lappi korostikin että tämänlainen "abstrakti" on yhteisen evoluutiohistorian todistusaineistona paljon vahvemmalla pohjalla. Ne tekevät tarkempia ennusteita, ja niiden arviointia ei konvergenssi sotke. (Koska geenistön "muoto" on en sekvenssijärjestys. Ei tarvita jakoa genotyyppiin ja fenotyyppiin.)
1: Kreationisteilta vastaava selityspuoli muuten puuttuu. Heillä on toki ns. baraminologia. Mutta tämän kohdalla en malta tehdä muuta kuin siteerata Wilkinsiä : "“Baraminology” is a bastard term (it’s bad Hebrew, to begin with) that just means “kinds of things that are not derived from other things”. It’s question begging, in other words. The theory of phylogeny (not a bastard term, based on good Greek and scientific practice), is the hypothesis that shared traits indicate shared ancestry. If we define the term “guppy” as “fishes that share traits A.. N”, then we can define the group guppies are part of as “A…X” and so on. Guppies are Acanthomorphs, Teleosts, Halecostomes, Actinopterygians, Gnathostomatans, Vertebrates, Craniates, Chordates, Deuterostomes, Bilaterans, Animals, and Eukaryotes, in increasing levels of generality. Where do we draw the line, if the evidence works at all levels?" Kreationistien "Sama rakenne sama perimä" -teoria on lähinnä ad hoc selitys sille miksi lajiston järjesteleminen tuottaa, ei suinkaan vain yhtä järjestystä vaan päinvastoin se vastaa hyvin tietynlaista hierarkiaa, juuri sellaisen kuin evoluutio ennustaa. Ja se taas unohtaa sen, että edellä mainitsemani konvergenssi luonnossa on tavallista ; Genotyyppiä ja fenotyyppiä täytyy erotella koska eliöiden sisäinen rakenneohje (eli genomi) johtaa eisukulaisten samankaltaisiin ulkoisiin rakenteisiin.


Evoluutio voidaankin nähdä ns. huipputeoriana siksi että moni erilainen lähtökohta osuu sen kohdalla yhteen. Näin evoluutiohistoria perustellaan osana Quinelaista kokonaisuutta. Ei sen takia että vaikkapa iki-ihanan "Lontoon Luonnonhistoriallisen Museon" ("The Natural History Museum London")  mahtavat ja ehdottomasti näkemisen arvoiset luukokoelmat olisivat evoluutiohistorian todisteena erityisen vakuuttavia. (Ne ovat toki erittäin erittäin vakuuttavia muutoin, esimerkiksi näkevät kellosepät voisivat olla niiden edessä haltioissaan.)

---

Otsikko viittaa Archaeopteryx:iin, jonka latinankielinen nimi käännetään suomeksi "muinaissiipiseksi". Siihen sukupuuttoon kuolleeseen muinaisliskoon, joka nostetaan kuvituksessa esiin vain joka kerran. Päätin tarkoituksella jättää sen kuvituksesta ja laitoin siihen vain sitä hieman muistuttavan kaivonkannen, jossa on kuitenkin kaikkea muuta.

Samanlaisuuden etäisyys.

"Last night I saw a turtle / It looked like a grenade. / I picked it up and threw it. / No explosion was made."
("Weird poems, Strange Hymes" ; "Turtle")

John Wilkins mietiskeli samanlaisuutta. Aihe on vaikea, koska samanlaisuutta käytetään paljon. Mutta monet analogiat ovat yksinkertaisesti huonoja. Hän aloitti asian lainaamalla Nelson Goodmania : "Similarity, I submit, is insidious. And if the association here with invidious comparison is itself invidious, so much the better. Similarity, ever ready to solve philosophical problems and overcome obstacles, is a pretender, an impostor, a quack. It has, indeed, its place and its uses, but is more often found where it does not belong, professing powers it does not possess." Syynä on se, että tilanne jossa jotkut asiat muistuttavat toisiaan, on itse asiassa vaikea lähtökohta. Vaikeuksia tulee etenkin jos omat ennakkoluulot liittävät asiat yhteen.

Wilkins lähestyy asiaa sitä kautta että voidaan tarkastella useita ominaisuuksia, ja saadaan Hamming Distance, joka kertoo kuinka paljon asia muistuttaa toisiaan. Komponentit ja niiden ominaisuudet ovat tätä kautta vertailussa. Wilkins mainitsee myös Tverskyn käyttämän samanlaisuuden tunnistamiskeinon. Tässä ongelmana on se, että kaava eräällä tavalla tarjoaa ne vastaukset joita siihen laitetaan. Uutta tietoa ei tule. Ja ongelmana on tietysti sekin, mitä samanlaisuus sitten oikeastaan loppujen lopuksi kertoo.

Evoluutikkona on ehkä mielenkiintoista huomata, että Charles Darwin käytti analogiaa perustellessaan evoluutioteorian olennaista osaa, luonnonvalintaa. Hän teki tarkkailua jalostajien puolella, jossa jalostajan valitsemat yksilöt muuttivat populaatioita, valinnalla syntyi hyvin erilaisia kantoja. ja esitti että luonnossa tapahtuu luonnollista valintaa. Tämä oli analogia.

Olennainen ja mielenkiintoinen tieto on tietysti perimän osa tässä. Nykyisin tiedetään että luonnonvalinta vaikuttaa geenifrekvensseihin olennaisesti samalla tavalla kuin jalostajan tekemä valinta. Tätä yhteistä syytä voidaan siis testata, ja yhteys on löytynyt korrelaatioiden ja empiirisen testaamisen kautta. Ilman tälläistä analogia olisi enemmänkin vain pelkkä "mielenkiintoinen arvaus".

Taksonomian kannalta samanlaisuus on tietysti ollut keskeisessä roolissa. Wilkinsin kirjoitus olikin itse asiassa saanut kipinänsä aikaisemmasta, taksonomiaa koskevasta, jutusta. Tällöin työn alla oli homologiat ja analogiat taksonomian puolella ; Taksonomiassa erilaiset järjestykset ja luokittelut joilla eläimiä laitetaan yhteen ja erikseen vaatii vertailua. On samanlaisia osia, jotka ovat suhteessa toisiinsa.

Omasta mielestäni on mielenkiintoista, että tässäkin DNA on mukana. Voidaan erottaa koevoluution kautta voidaan tunnistaa onko eläimet "lähellä sukulaisia" vai ei. Maamyyräsirkka muistuttaa monilta ominaisuuksiltaan maamyyrää. Mutta samanlaisuus ei johdu sukulaisuudesta vaan konvergentista evoluutiosta ; Tietynlainen toiminta ja ekologinen lokero vaatii tietynlaisia rakenteita. Näin luokitteluussa on mukana myös lisäelementti, joka antaa vertailuun tietoa siitä mikä on olennaista samanlaisuutta ja mikä ei.

Hyvä, Paha ja Ruma analogia.

"In every instance where the complexity-specifcation criterion attributes design and where the underlying causal story is known (i.e., where we are not just dealing with circumstantial evidence, but where, as it were, the video camera is running and any putative designer would be caught red-handed), it turns out design actually is present; therefore, design actually is present whenever the complexity-specifcation criterion attributes design."
(William Dembski, "Specified Complexicity")

Analogioita käytetään argumentoinnin apuvälineenä melko usein. On hyödyllistä rinnastaa samanlaisia asioita yhteen, se auttaa joko ilmiöiden luonteen selittämisessä. Tai ymmärtämisessä.

On hyvä muistaa että jos analogia ei ole virheellinen ja ruvetaan tekemään arvauksia, on kyseessä aina heikko puolustus. Analogia on enemmän viite kuin todiste. Analogiapäätelmä on siis tavallaan ennuste jossa siitä että A ja B ovat analogisia piirteiden A, B ja C kohdalla ja kun B:llä on piirre X, johtaisi se arvaamaan että A:llakin on piirre X. Siksi ei olekaan ihme että usein analogioista on hyötyä kun kehitellään ajatuksia ; Tässä kohden on hyvä jos piirre X voidaan testata myös A:lta, jolloin arvaukselle saadaan empiirinen vahvistus. (Mutta analogiaa ei enää tarvita tuossa kohdassa.)

Joskus analogiat ovat huonoja. Tällöin niissä rinnastetaan asioita tavalla jotka eivät ole hyviä: Eiverrannolliset asiat rinnastetaan yhteen. Tässä on kaksi päätyyppiä:
1: Assosiaation kautta rinnastaminen. Tällöin esitetään että siitä että A:lla ja B:llä on yhteinen assosiaatio X tarkoittaisi se, että ne ovat analogisia keskenään. Mielleyhtymä ei kuitenkaan yleensä ole hyvä lähestymistapa. Se, että molemmista tulee mieleen sama asia ei tarkoita että ne olisivat ominaisuuksiltaan olennaisesti rinnastettavia.
2: Toinen tapahtuu metaforan kautta. Tällöin se, että A:lla on metafora B. Ja metaforan subjekti B on premissi C:lle johtaisi siihen että jos A pitää paikkaansa niin se tarkoittaa sitä että olisi syytä olettaa C.
3: Kolmannessa analogia levitetään ympärilleen : Siitä että A:lla ja B:llä on yhteinen kvaliteetti X & B:llä ja C:llä on yhteinen kvaliteetti Y tarkoittaisi sitä että A ja C olisivat keskenään analogisia.

David Hume ei pitänyt Paleyn analogiapohjaisesta argumentista jolla yritettiin - ja yritetään nykyäänkin - todistaa Jumalaa. "Dialogues Concerning Natural Religion" (Julkaistu vuonna 1779 - kolme vuotta Humen kuoleman jälkeen). Humesta se, että löytää yhteisiä piirteitä ei ole vakuuttavaa jos ei ole induktiivista ketjua jolla Suunnittelija liitetään piirteeseen. Vaikka piirteitä olisi useita, se ei siltikään olisi riittävää. Onhan löydettävissä epäanalogioitakin. William Dembski on esittänyt tälle vastaväitteenä, että jos jossain on analogia, täällä täytyy olla myös epäanalogia, muutenhan ei olisi samanlaisuutta vaan kaksi identtisesti samaa asiaa. Joten miten voisimme päätellä että organismi on tehty sillä että tiedämme että kello on tehty? Hän on esittänyt tähän kannanottonsa kirjansa "The Design Revolution" luvussa "Hume, Reid, and Signs of Intelligence".

Dembskin logiikka on seuraava : Sanotaan että meillä on kaksi ilmiötä. A ja B. Ne jakavat yhteisen piirteen p. Näin ollen p(A) ja p(B). Tämän lisäksi on piirre q siten että tiedämme että q(A). Emme sen sijaan tiedä onko q(B) totta. Miten voisimme päätellä että q(B)? Dembskin mielestä voimme päätellä näin jos tilanne on niin että p(X) => q(X) kaikilla tiedetyillä X:illä.

Dembskin argumentoinnissa on mielenkiintoinen tilanne : Se selvästi olettaa mitä on tarkoitettu oletettavaksi koska B täytyy tietää. Tämä on helpohkoa näyttää.
P1: Kellot on tehty.
P2: Kelloilla ja organismeilla on yhdessä toimivia osia ja monia muita piirteitä ...
P3: Emme tiedä varmasti yhtään tahoa joka esittäisi yhdessä toimivia osia etc. ilman että ne olisivat Suunniteltuja.
C: Eli organismitkin on suunniteltu.

Ongelma on itse asiassa P3:n kohdalla, jota kautta se siirtyy johtopäätökseen C. Sillä viimeisen premissin P3 sisällön pitäisi olla näin: P3: Täällä ei ole tunnettua tahoa jossa jokin esittäisi yhdessä toimivia osia ... ilman että ne olisivat suunniteltuja tai orgaanisia. Täydennys pitää tehdä, sillä P2 sisältää oletuksen siitä että organismit sisältävät yhdessä toimivia tahoja. Ja me emme tiedä ovatko organismit suunniteltuja vai eivät. Koko kysymys jota tässä ollaan ratkaisemassa johtuu juuri siitä että emme tiedä tätä ennalta.

Voi olla oikein väittää että kellojen ja ihmisten tekemien objektien kohdalla, mutta emme voi vain laajentaa sitä eteenpäin niihin asioihin, jotka ovat monilta piirteiltään hyvin erilaisia.
1: Tämä on itse asiassa kreationistien kannalta erikoinen tilanne. Sillä heille sekä analogia että epäanalogia ovat todisteita Suunnittelusta. Esimerkiksi se, että ihminen tekee jotain joka näyttää samantapaiselta kertoo heistä älyn merkeistä, analogian kautta. Mutta jos ihminen ei kykene tekemään esimerkiksi silmää, tämä on vahva epäanalogia, mutta tämäkin nähdään todisteena Jumalan kaikkikykyisyydestä. Itse asiassa jokainen kreationisti osaa luetella valtavia määriä epäanalogioita.

Ilman tätä voisimme vain tehdä päätelmiä ilman että asioita tutkitaan. Analogia itse asiassa sanookin lähinnä että organismit voivat olla suunniteltuja, mutta tämä ei ole samaa kuin päättely että ne myös ovat sitä : Loikka "voi ollasta" "kyllään" vaatii sen, että premissiksi piilotetaan johtopäätös, joka taas on kehäpäättelyä. Tämä ei ole välttämättä helppoa huomata. Mutta yritän selventää : Jos argumentti siitä että yhdessä toimivat osat ja muut vastaavat piirteet tiivistetään sanaan "kompleksi", on argumentti seuraavanlainen:

P1: (x) (kello(x) > tehty(x))
P2: (x) (kello(x) > kompleksi(x)) ja (x) (organismi(x) > kompleksi(x)).
P3: - (Ex) (tunnettu(x) ^ kompleksi (x) ^ -tehty(x)).
C: organismi(x) > tehty(x).

Tuosta voi olla selvempää huomata, että logiikka ei toimi kunnolla. Organismien kompleksisuus tiedetään varmasti, mutta ei tiedetä onko se suunniteltu vai ei. Kornia kyllä, kun annettuna ehtona on se että yksikään eisuunniteltu asia olisi kompleksi, ja kiistan alla selvitettävänä on kysymys, ovatko eliöt älyllistä alkuperää vai eivät, joudutaan lopputulos joka tapauksessa olettamaan ; Jos olet sitä mieltä että eliöt ovat suunniteltuja, ne eivät riko ennustetta. Mutta jos katsot että eliöt ovat luonnollisesti syntyneet, se tuhoaa vaatimuksen. Tältä kannalta argumentti ei sano oikeastaan mitään.
1: Itse asiassa, koko jutussa on järkeä vasta kun sitä pehmennetään "ei tiedetä" -kohdalla. Vaatimuksena on siis se, että tarkastellaan kohteita joiden syntyhistoria on tuntematon. Tätä kautta on selvää että päättely on rakenteeltaan Aukkojen Jumala. Siinä on yritetty keksiä miten "ei tiedä" saataisiin muotoon "ei ole" ilman että tätä huomattaisiin helposti.

Argumentin takana on isompi ongelma. Kun tutkitaan piirteitä, on analogisuudelle useita selitystapoja, monia vaihtoehtoja. Usein niitä käytetään siten että ne nivotaan tilannekohtaisesti, eli todistusaineisto punnitsee erot : Esimerkiksi yhteisiä piirteitä voi syntyä useaa kautta. Esimerkiksi ihmiset ovat lainanneet luonnosta useita yhteisiä piirteitä. Esimerkiksi tarranauhat on keksitty ohdakkeista. Siksi ei ole ihme, jos samanlaisia piirteitä löytyy. Samoin luonnonvakiot asettavat tiettyjä rajoja. Esimerkiksi Steven Vogelin "Kissan tassut ja katapultit" -kirja esittelee niitä rakenteita joiden on täytyttävä, jotta jokin kappale - kuten silta tai eläimen selkäranka - pysyy kasassa romahtamatta. Siksi ei ole ihme että juuri tämänlaisia piirteitä löytyy sekä silloista että selkärangoista - ja samalla selittyy konvergentti evoluutiokin, jossa eri eliöryhmät jakavat samanlaisia piirteitä, samoja asioita tehdään erilaisella perimällä. Toisin sanoen analogisuus voi johtua monesta syystä.

Dembski tietää tämän ja hän yrittääkin vahvistaa analogiaa viittaamalla spesifiin kompleksisuuteen (CSI). Siinä tätä vaihtoehtoa yritetään kiertää sillä että tässä on eliminoitu luontovaihtoehdot. Dembskin ongelmana tässä on se, että kyseessä on väite. Hänen tapansa käsitellä CSI -informaatiota on varsin erikoinen.
1: Sen tarkka ruotiminen veisi tämän jutun sivupolulle, mutta asiasta kiinnostuneet lukevat tietysti Shallitin ja Elsberryn CSI -kritiikin, josta selviää varsin vahvasti että Dembskin ongelmana on se, että hän hakee eri tilanteissa tuen näkemykselleen aivan erilaisien päättelyketjujen kautta ; Se, miten kompleksi spesifi informaatio tunnistetaan, on hyvin erilaista, systeemiä vaihdetaan aina sen mukaan mikä antaa hänen haluamansa lopputulokset. Hän käyttää eri tapoja jotka johtavat keskenään jopa päinvastaisiin tuloksiin. Tämä tarkoittaa sitä että Dembski viittaa enemmän yhteiseen assosiaatioon kuin mihinkään selvään ja yksiselitteiseen piirteeseen.

Dembskin argumentointitapaa voidaan kritisoida myös toisella tavalla. Koska harva nielee yllä olevaa, on otettava toinen asia. Dembski pitää päätelmäänsä vahvana. Sitä ei esitetä saivarteluna, vaan artumenttina joka todistaa Suunnittelun tavalla joka olisi pakko ottaa huomioon myös niiden joista eliöt ovat luonnollisia objekteja - esimerkiksi ateististen evoluution kannattajien - muuten heitä pilkataan maailmankuvaansa jämähtämisestä. Seuraava seuraa hänen logiikkaansa täysin. Tiivistän seuraavan ominaisuuslistan: atomeista koostuva, massan omaava etc. sanaksi "aineellinen". Saadaan seuraava päättelyketju:
P1: ihmiset = ainellinen
P2: ihmiset ja älykäs toimija = "Suunnittelija".
P3: Emme tiedä, että olisi jotain joka olisi "Suunnittelija" ilman että se olisi aineellinen.
C: Älykäs toimija = aineellinen

Samalla keinoin voimme tietenkin todistaa myös sen, että "Raamattu" on ihmisten kirjoittama, koska kaikki kirjat joiden syntyihistorian tiedämme, ovat ihmisten kirjoittamia. Emmekä tiedä yhtään kirjaa joka ei olisi ihmsten tekemä.

Alkuperä on tätä kautta selvä. Epäilen että tässä vaiheessa moni uskovainenkin alkaa huomaamaan aukkoja päättelyketjussa. Aikaisempi tekninen höpinä olisi ennen tätä heistä vain virheilyä. Tässä vaiheessa hekin tuntuvat tajuavan että Dembskin tapa käyttää analogiaa ei ole mitenkään "lopullinen". Paitsi silloin, kun se sopii heidän uskonnollisiin käsityksiinsä, jolloin se on voittamaton.

Eikä siinä vielä kaikki.

Dembski yksinkertaisesti asettaa vastaselityksille todella kovat vaatimukset. Itse asiassa koko hänen argumentaationsa voidaan nähdä kaavana "on olemassa erilaisia selitystapoja, toisille asetetaan mahdottoman kovat vaatimukset ja toiset päästetään kevyellä ilman empiiristä näyttöä, jolloin voimme päätellä että kevyellä päästetty on Totta." Koska kun hän puhuu eliöiden mutkikkuudesta, hän vaatii tarkkaan tiedettyä. - Kuten huomasimme, vaikka Raamattu olisi Jumalan säkenöittämä, on vaatimus niin kova että uskovainen ei kykenisi tätä uskottavasti täyttämään. Täsmälleen sama tapahtuu niiden kohdalla jotka luottavat evoluutioon : Heille asetettu ehto on teoreettisesti mahdoton tai vähintään käytännössä mahdoton toteuttaa. Asettamalla näin kovia vaatimuksia Dembski voi aina aloittaa "emme tiedä miten voisi syntyä joten on kompleksi" ja ja missä tahansa vastatilanteessa sanoa "not good enough"
1: Jos joku vaikkapa lähtisi etsimään tapoja tuottaa CSI:tä luonnollisesti, olisi ongelmana se, että jokainen vastaesimerkki on tulkittavissa "suunnittelua löytyi uskomattomasta paikasta"/"Havaitsematon äly vaikutti koejärjestelyssä". Tai sitten "väite älyllisestä alkuperästä heikkeni vahvasti". Itse asiassa juuri tästä on kysymys eliön perimän mutkikkuuden kohdalla.

Julmasti voisi karkeistaa että Dembskin vaatimustaso on niin kova, että käytännössä hän tekee Aukkojen Jumalaansa varten tilaa sille että "on hyvin perusteltua uskoa" tarkoittaa samaa kuin "emme tiedä".

Valitettavasti tämä vaatimustaso on niin kova, että älyn havaitseminen itse ei täytä sen ehtoja. Dembski yrittää tarkkana poikana kiertää toisten hänelle asettamat kovan vaatimuksen ongelmat viittaamalla Thomas Reidin Hume -kritiikkiin.

Reid nimittäin muistutti että Humelle tieto on tutkimuksen jälkeistä. Reid muistuttaa että emme suoraan havaitse älykkyyttä, vaan sen aikaansaannoksia. Reid miettii sitä, että jos havaitsemme älyä tiedon jälkeen, miten ihmeessä voimme havaita älyn ensimmäisen kerran. Humen vaatimuksilla ja ajatustasolla tämä ei onnistu. "No man ever saw wisdom, and if he does not from the marks of it, he can form no conclusions respecting anything of his fellow creature. How should I know that any of this audience have understanding? It is only by the effects of it on their conduct and behavior, and this leads me to suppose that such behavior proceeds only from understanding. But says Hume, unless you know it by experience, you know nothing of it. If this is the case, I never could know it at all. Hence it appears that whoever maintains that there is no force in the argument from final causes , denies the existence of any intelligent being but himself. He has the same evidence for wisdom and intelligence in God as in a father or brother or a friend. He infers it in both from its effects and these effects he discovers in the one as well as the other .... From marks of wisdom and intelligence in effects, a wise and intelligent cause may be inferred." Reid siis esitti että emme näe älyllisyyttä suoraan, vaan ainoastaan merkkejä siitä. Eli nähdessämme kellon oletamme kellontekijän - emmekä toisin päin. Meidän ei tarvitse siksi nähdä kun kelloa tehdään ja voimme olettaa kellontekijän.
1: Tätä voisi kritisoida siitä että itse asiassa äly on jotain joka liitetään ihmisiin. Jos yksikään ihminen ei ole tehnyt kelloa, kellot eivät ole ihmisten tekemiä emmekä liitä niihin automaattisesti tekijää. Tällöin kello vertautuu ikään kuin eläinten jälkiin ; Joko olemme (1) itse nähneet kun jänis jättää jäljen tai (2) joku luottamamme taho on nähnyt kun jänis jättää jäljen ja kirjoittanut tästä vaikkapa jäljestysoppaaseen, voimme siksi yleistää ja nähdessämme jäniksen jäljen päättelemme jäniksen. (Ja nähdessämme jäniksen emme voi päätellä jäniksen jälkeä, ennen kuin näemme jäniksen liikkeessä..)

Mutta olkaamme reiluja ja sanokaamme että tämä on hyvä. Tämän tapainen tunnistaminen on historiallisesti tarkastellen melko heikkoa : Esimerkiksi Kepler väitti että kuun suuret kraaterit olivat kuun asukkaiden tekemiä, koska isosta määrästä pieniä kraatereita ei sattumalta synny suurempia. Suuret impaktit olivat kuussa mahdollisia koska kuulla ei ollut ilmakehää.

Dembski itse asiassa pyrkii ratkaisemaan tämänlaiset "Keplerin ongelmat" ; Dembski itse korostaa sitä että analogia -argumentaation sijasta keskitytäänkin isomorfiaan. Dembskin ongelmana on se, että "tehty" ei voi tarkoittaa ominaisuusjoukkoa että koko luokan nimeä samanaikaisesti. Hän kuitenkin käyttää sitä juuri näin. CSI on ominaisuus jota kartoitetaan. Ja se on samalla isomorfisten luokan nimi.

Toki tämä on erikoista argumentaatiota, koska tavallaan keskustelun alla on se, ovatko eliöt ja koneet oleellisesti samanlaisia. Olettamalla tämä yhteys on siksi tietty pohjamaku. Ja tämä pohjamaku ei ole siinä että kaikille annettaisiin "yhtä reilu mahdollisuus". Toisia vaihtoehtoja pidetään jo alkuoletusten kohdalla oikeampana kuin toisia. Mutta unohdetaan tämä ja leikitään mukana.

Tilannetta voidaan kuvata helposti sillä, että kelloja rinnastetaan eliöihin. ; Isomofria on bijektiivistä: Kaksi systeemiä ovat isomorfisia jos ainut ero niiden välillä on terminologinen. Koska kellot on tehty, täytyy tehdyn viitata johonkin joka on myös organismeissa. Tämä antaa luvan siirtää "tehty" -sanan kellosta eliöön. Mutta kun virta kulkee kahteen suuntaan seuraa tästä sekin, että organismien itsereplikoituvuus voidaan siirtää kellojen suuntaan. Ja kellot eivät itsereplikoidu. Tämä herättää kysymyksiä siitä, miksi kellosta siirrettävä piire olisi yhtään parempi? Tätä voi perustella vain sillä että varmasti tiedämme että itsereplikoituvuus on huono, kun toisesta emme tiedä. "Emme tiedä joten voi" ei ole kovin sitova argumentti, kenekään ei ns. ole "pakko ostaa" tälläistä argumenttia. Näin ollen Dembski joutuisi poistamaan "tehdyn" kellon ominaisuuksien joukosta. ("Tehty" on joko luokan nimi tai luokan sisällä oleva piirre/ominaisuus.)

Ja vaikka suunnitteluntunnistus olisikin isomorfismiin enemmän kuin analogiaan, auki jää se kuinka voisimme huomata jos tunnistuksessa on virhe? Jopa luonnossa oleva taipumus havaita toistuvuutta voi epäonnistua. Mimicry toimii luonnossa juuri sen takia että saalistajien hahmontunnistus ei ole täydellistä vaan epäonnistuu. Tätä voi verrata taksonomiaan. Voisimme kuvitella että kaikki kalat jakavat ominaisuuden "evä". Ja että yhdenkään eievällisen ei tiedetä olevan kala. Tästä syntyy luokkamääritelmä jossa evä tarkoittaa samaa kuin kala. Jos tätä pidetään lukkoon lyötynä luokittelutilanteena, käy niin että jos jossain on evätön kala tai kala ilman evää, tätä ei huomata. Kalan määritelmä on tätä kautta muuttunut siitä miten sitä tavallisesti käytetään - ja esimerkiksi delfiinit jotka muuten määrittyisivät nisäkkäiksi ovatkin kaloja koska niillä on evät. Näin ollen sama käy Dembskinkin kohdalla. Tämä tarkoittaa yhtä asiaa: Sitä että meillä ei ole tietoa siitä, vastaako "tehty" yhtään samaa kuin mitä se normaalissa kielenkäytössä tarkoittaa. Esimerkiksi kaikki ajatukset rakentajasta, tietoisuudesta ilmiön takana ja muut vastaavat ovat vain arkikielen assosiaatioita. Kun piirre ja luokka yhdistetään Dembskin mallilla, emme oikeasti tiedä tästä asiasta. Moni voisi jopa sanoa että koko "design" sana on tämän vuoksi harhaanjohtava. Emme tiedä missä määrin jos ollenkaan siihen liittyvät asiat koskevat tätä Dembskin versiota. Se vain luokittelee, emmekä osaa sanoa tuleeko "delfiinistä kala" ja milloin. Meillä ei ole keinoa erottaa näitä "delfiinikaloja" muista. Emme voi tietää milloin teemme virheen.
1: Koska virheentunnistukselle ei ole tilaa, on Dembskin CSI - etenkin sen etsimisen ristiriitaisuudet huomioon ottaen - enemmänkin väite jostain mutkikkaasta suorasta havaitsemisesta. On aivan uskottavaa väittää että kyseessä on uskonnollisen mielen synnyttämistä assosiaatioita, joista on tehty tosiasian tilan havaitsemista. Tällä kikalla mikä tahansa ennakkoluulo ja mutu kääntyy vaivattomasti havainnoiksi ja todeksi.

Kun joku tarkasteltava kohde on spesifisti kompleksinen, kappaleella on pieni todennäköisyys syntyä sattumalta (osa kompleksi) mutta silti täyttää piirteen joka on riippumaton siitä tiedosta joka meillä on kappaleen kausaalisesta historiasta (osa spesifi). Tätä ei voi mitenkään erottaa siitä että vain hypätään johtopäätökseen. Jos meillä on kappale jonka kausaalinen historia on jotain jota emme tiedä mutta se näyttää joltain jota me tiedämme joten sen täytyy olla jotain jonka tiedämme.

Aukkojen Jumala -päättelytavassa vikana onkin juuri tämä ; Ensin sanotaan että "emme tiedä" mutta siteen sen jälkeen sanotaankin että "tiedämme".

Eläimien (aika)järjestäminen.

Aristoteles teki varhaisimpia eläinten luokituksia. Hänellä oli tähän mielenkiintoinen periaate: Hän luokitteli eliöitä niiden ominaisuuksien mukaan, joita niillä oli. Sen sijaan luokitusta ei voitu tehdä puuttuvien ominaisuuksien kautta ; Tätä kautta esimerkiksi luokitus, jossa puilla ei ole höyheniä ja ihmisillä ei ole höyheniä olisi ollut hänen mukaansa väärä. Eläimet, joilla oli paljon samoja ominaisuuksia, olivat samaa luokkaa. Aristoteles jakoi eläimet vähän "Magick the Gathering" -korttien tapaan elemetteihin; Tuli, vesi, maa ja ilma. Kuuma ja kostea veri oli siksi "korkea" ominaisuus, ja kylmä kastemato oli vähemmän korkea eläin.

Linné taas luokitteli useatasoiseen hierarkiaan, jossa hierarkiat sisälsivät alaluokkia. Hierarkiat etenivät alaspäin. Luokittelussa hankalinta oli tietysti se, mitkä ominaisuudet olivat tärkeitä ja mitkä vähäisiä. Tämänkaltaisessa hierarkiassa nämä päätökset vaikuttavat kaikkiin sen yläpuolella oleviin hierarkioihin. Tätä taksonomista luokittelutapaa käytettiin melko kauan.

Charles Darwin muutti tätä luokitustapaa, ja ne etenivät alhaalta ylöspäin. Syntyi "lähisukulaisista" koostuvia sisäkkäisiä hierarkioita. Darwin ajatteli että tämä liittyi eliöiden sukulaisuuteen; Jos jollain eliöryhmällä oli erityinen piirre, sen jälkeläiset perivät sen, ellei se sitten katoa jostain alasukuhaarasta. Niinpä ominaisuudet muodostavat hierarkioita. Ernst Mayr jatkoi tätä luokitteluperiaatetta. Hän jakoi ominaisuudet kahtia: Oli kantamuodosta peräisin olevia säilyneitä ominaisuuksia (ancectral), ja sitten oli muuntuneisiin ominaisuuksiin perustuvia ominaisuuksia (derived). Näin esimerkiksi kalojen, lintujen ja nisäkkäiden selkäranka on ancestral ja maitorauhaset olivat nisäkkäille kehittyneet derived -ominaisuus, joka on sitten nisäkkäiden kesken periytynyt kaikkiin nisäkäsrotuihin (jolloin se on tältä kannalta ancestral.) Jako on tätä kautta aina näkökulmakeskeinen.
1: Tälle luokittelulle syntyi vaikeuksia konvergentin evoluution vuoksi; Esimerkiksi pussihukka näytti paljon enemmän sudelta kuin kengurulta, vaikka se oli läheisempää sukua kenguruille. Syynä oli se, että samankaltaiset valintapaineet muuttivat niiden rakennetta samanlaisiin tehtäviin soveltuviksi. Samasta syystä delfiinit ja kalat ovat hyvin samanmuotoisia, vaikka valaat tunnetusti ovatkin nisäkkäitä. Toisin sanoen, osat samanlaisista rakenteista ovat perittyjä ominaisuuksia, eli homologisia ominaisuuksia ja osa on vain samanlaiseen tehtävään eriytyneitä analogisia ominaisuuksia, nämäkin rakenteet ovat tarkastelunäkökulmariippuvaisia: Esimerkiksi linnun siivissä on luita jotka ovat homologisia lepakoiden "sormien" luiden kanssa, mutta siipenä niiden synty on analogisia. Feneetikkoja, jotka luokittelivat lajeja useiden ominaisuuksien mukaan, kritisoitiin ja heille esitettiin, että näitä ei voitaisi mitenkään erottaa toisistaan. Tällöin luokitus ei kertoisi yhteisestä sukulaisuudesta ja evoluutionäkökannan merkitys taksonomiassa itse asiassa katoaisi. Ja tästä seurasi mielenkiintosia filosofisia vaikeuksia: Jos evoluutiota ei voitu käyttää, voitiin periaatteessa mitä vain käyttää luokituksessa. Eläinten nimien aakkosjärjestys voisi esimerkiksi olla erittäin kätevä vaihtoehto.

Mayrin luokitelma ei saanut suurta suosiota. Sen sijaan Willi Hennigin kehittämä kladismi sai suosiota. Se korosti analogisten ja homologisten ominaisuuksien erottamista: Ainoastaan homologisia ominaisuuksia voitiin käyttää luokittelussa. Se asetti haasteen: Evolutiivisia puita olisi vain yksi. Ja systematiikan tehtävänä oli löytää se. Evoluution vähittäinen muutos joka etenee vanhemmilta jälkeläisille -ajattelu ennusti, että tälläinen puu tultaisiin löytämään. Analogiset ja homologiset ominaisuudet voitiin erottaa toisistaan vertailuryhmillä: Kun käytetään useita ominaisuuksia, tiedetään että jotkut kuuluvat johonkin ryhmään. Tätä kautta voidaan huomata, että pussieläimet ovat rakenteeltaan "tietyllä tavalla". Ja pussihukka kuuluu näiden rakenteiden vuoksi niihin, joten sen susimaiset rakenteet eivät ole suden sukulaisuudesta johtuvia. Kun luokituksia on paljon, voidaan aina vertailla ulkoryhmää ja sisäryhmää ja katsoa sitten miten samanlaisuudet kasvavat ja vähenevät suhteessa ulkoryhmään.
1: Tosiasiassa tämä luokitus ei varsinaisesti todista evoluutiota, mutta se rakentuu sen varaan: Homologia ja analogia voidaan erottaa heti, kun evoluutioprosessi oletetaan taustalle. Syy on siinä, että evoluutiolla on tietty prosessi. Jos lajinkehitys ei noudatakaan evoluutiota, niin silloin koko taksonominen luokittelusysteemi romahtaa.
2: Toinen ongelma on tietysti siinä, että periaatteessa sama ominaisuusryhmäkin voisi kehittyä sattumalta. Tämä on kuitenkin epätodennäköisempi tapahtuma: Oletus 1 sanoo, että muutos on tapahtunut kerran ja toinen sanoo että se on tapahtunut monta kertaa. Ja mitä epätodennäköisempi tapahtuma on, sitä epätodennäköisemmin se olisi tapahtunut monta kertaa. (Siksi esimerkiksi alkusyntyteoriassa on viisasta olettaa vain yksi yhteinen kantamuoto ; Jos yksinkertaisen elämän kerran syntyminen olisi "epätodennäköistä", tapahtuma jossa sen väitetään tapahtuneen monta kertaa, olisi vielä moninkertaisesti epätodennäköisempi. Toki jälkimmäinenkin on mahdollinen, mutta se vaatii mainitun luonteensa vuoksi enemmän todisteita. Toki voidaan teoriassa viitata johonkin ainutlaatuiseen olosuhteeseen, jossa useat eliöt ovat syntyneet ja joka ei ole toistunut sittemmin, mutta tästä olosuhteesta pitäisi saada todisteita ja havaintoja.) Selitystä tarvitaan, koska tässä systeemissä oletetaan asioita. Sen hyvyys otetaan samalla tavalla kuin muutkin tieteen asiat yleisestikin; Oletetaanhan siinä sujuvasti sellaisiakin asioita, kuten että maan vetovoima toimii huomennakin. Näitä arvioidaan esimerkiksi Einsteinin kovasimen avulla; Asiat on selitettävä niin vähillä oletuksilla kuin mahdollista, mutta ei sen vähemmillä. Periaate on se, että valitaan vähemmän epävarmuuksia ja epätäsmällisyyksiä sisältävä malli. Siksi ennuste siitä että huomenna tuulee on hyvä: Jossain päin maailmaa sataa varmasti. Mutta sen sijaan ennuste että huomenna Korsossa tuulee ja se kaataa kello 19.30 Maauunintieltä lipputangon, joka nasahtaa kallooni on sekin mahdollinen, mutta huono: Se on toki tarkka, mutta se sisältää paljon epävarmuutta, joten se on huono. Ensimmäinen ennuste taas on hyvä, koska siinä ei ole epävarmuutta, mutta se kuitenkin sanoo jotain: Jos maan päällä onkin tyyni päivä globaalisti, esitetty väite on väärä.

Molekyylisystematiikka sitten muutti luokittelua dramaattisesti. Kun konvergentissä evoluutiossa syntyy ominaisuus, se voi syntyä millä vain tavalla joka sen toteuttaa. Se toki ottaa todennäköisimmin jonkun "hyvän lähellä olevan" version. Mutta kun on tunnettua että "sama ulkoasu voi syntyä eri geeneillä", saadaan kladismiin varmistetesti. Sillä evoluutio kuitenkin muuttaa geenejä, eikä ilmiasua. Siksi kladistisen puun ja geenien pohjalta tehdyn vertailun pohjalta on hyvä tehdä ennusteita. Geneettistä etäisyyttä voitiin ruveta arvioimaan. Ensimmäinen oli Jukesin ja Cantorin malli, jossa ajateltiin että mikä tahansa geneettinen järjestys on mahdollinen (A,T,G,C -järjestykset ovat yhtä todennäköisiä).:

I(t)=(1/4)+(3/4)e^-8αt
Jos nukleotidin muuttavien mutaatioiden todennäköisyys = α, sellaisten mutaatioiden osuus kahdessa DNA sekvenssissä, jotka ovat samoja sekä nyt että t sukupolvea sitten (I). Tämä korvattiin pian Kimuran kahden parametrin mallilla, jossa muutokset A-G ja C-T saavat eri painoarvot, kuin muutokset A-C ja T-G. Syynä on se, että kemiallisen rakenteensa vuoksi ensimmäiset ovat yleisempiä kuin jälkimmäiset. (Tämä perustuu havaintoihin.) Ideana oli se, että pienempi ero kertoo todennäköisemmin läheisemmästä sukulaisuudesta kuin sattumalta olevaksi. Eri menetelmät vaikuttivat tapaan, jolla aineisto analysoitiin. Tämän vuoksi luotiin esimerkiksi Richard Dawkinsin "the Blind Watchmaker" -kirjassa (s 272) parsimony principlen, jossa "se reitti mikä on 'yleisin', on todennäköisin." Periaatetta tarvitaan vain jos puut eivät ole aivan identtiset vaan että niissä on pieniä eroja ; Puuta sekoittavat yksittäiset mutaatiot esimerkiksi kun mutaatioita on paljon voi samaan kohtaan eri linjoissakin osua samoihin kohtiin mutaatioita, seksuaalinen lisääntyminen, sukusiitos ja muut vastaavat elementit. Tämän vuoksi kaikissa puissa on eroja -joiden lähteet siis tunnetaan- ja niistä tehdään "keskiarvoistaminen".
1: Menetelmä voi tuntua intuitiivisesti oudolta, mutta se on loogisesti hyvä. Elliot Sober vertasi sitä siihen, että jos nukkuja herää yöllä kovaan meteliin ja arvaa että äänen lähde on tonttujen juhlat. Tämä hypoteesi on epätodennäköinen. Mutta sen sijaan jos henkilö huomaa olevansa tonttujen bileissä, hän voi erittäin hyvin odottaa kuulevansa melua, ja tällöin tämä odotus on viisas.

Kuitenkin havaittiin myös, että eri menetelmät tietyistä eroistaan huolimatta tuottavat suuria aineistomääriä tutkittaessa yhtenevät puut. Mutta ei kaikkialla. Tämä luokittelu tuotti vaikeuksia, se ei sopinut aivan kaikkiin eliöihin. Itse asiassa se ei sopinut suurimpaan osaan eliöitä.

Sillä vaikka joillain organismeilla, kuten ihmisillä, DNA -materiaali tulee lähes täysin pelkästään perittynä vanhemmilta, jolloin puun piirtäminen on luontevaa. Kuitenkin yksisoluisilla tunnetaan ilmiö, jossa geenejä voi siirtyä organismista toiseen, ja jopa eri bakteerilajista toiseen. Tätä ilmiötä kutsutaan horisontaaliseksi geeninsiirroksi, ja se tarkoittaa esimerkiksi transformaatiota, jossa DNA tulee solun ulkopuolelta, konjugaatio, jossa DNA:n siirtyy solusta toiseen, bakteerilta toiselle ja transduktio jossa DNA siiryy bakteriofagien välityksellä. Ford Doolittle esittikin, että perinteinen tiukan puumainen malli ei tämän vuoksi toimi, vaan bakteerien kohdalla horisontaaliset geeninsiirrot ovat niin yleisiä, että niiden kohdalla ei voida tehdä mitään yksiselitteistä puuta. Kuitenkin kun tutkimus oli panostanut monisoluisiin eliöihin, joissa horisontaaliset geeninsiirrot ovat harvinaisempia, niiden luokittelussa ei ole tehty vastaavaa virhettä. Ja juuri siksi niiden välille voidaankin piirtää yhteneväisemmät puut.

Onkin jännittävää, miten evoluutioteorian pohjalle rakentuneet puut ovat sellaiset, kuin niiden voi odottaakin olevan jos ne ovat rakentuneet niiden mekanismien avulla, joita luonnossa on havaittu; Sotkuisuutta luokittelussa on juuri siellä, missä voisi havaittujen prosessien tunnettujen mekanismien ennustetavien vaikutusten kautta odottaakin. Suuruusluokat voivat toki yllättää yksityiskohtien kohdalla, mutta päälinjat pitävät hyvin.