Markovin ketjupanssari

Guy Windsor kirjoitti tekstin jossa hän nosti esille keskiaikaisten miekkailumanuaalien käyttävän toistuvasti luokittelujärjestelmiä ja menetelmiä jotka ovat kaikille tuttuja taksonomiasta. (Ja miten miekkailumanuaalit käyttivät niitä ensin ja biologit olivat vasta jälkijunassa.)
* Hän nostaa esille esimerkiksi hienon kuvan jossa erilaiset lyönnit on järjestetty puun muotoon. "Viggiani’s tree of blows, from Lo Schermo". Toinen asia joka manuaaleissa on merkittävää on se, että luokiteltavaa aineistoa lähestytään niiden nimien sijaan niiden ominaisuuksien kautta
* Häntä kiinnostaa luokittelutapa ja siinä ennen kaikkea sen kattavuus ja systemaattisuus. "classify plants according to their inherent natural characteristics rather than their (human-imposed) names or uses."

Tarkemmin kiinnostuneet voivat lukea itse tekstin. (Ja että blogin jatkossa olevalle tekstille ei sen vuoksi riitä ehkä ainuttakaan kiinnostunutta lukijaa. Mikä on ihan hyvä asia)  Jatkan enemmänkin eteenpäin hieman toisiin suuntiin. Windsorin kuvaus koskee enemmän määrittelemistä ja luokittelua. Itse taas en voi olla tuomatta ... sanotaan nyt evoluutiobiologisempaa kulmaa ... asiaan.

Miksi juuri puumuoto on oikea taksonomiassa? Miksi ei esimerkiksi olemisen hierarkisia tikapuita joissa alhaalla on bakteeri ja tikapuiden päässä ihminen?

Nimittäin kun puhutaan taksonomiasta ja evoluutioprosesseista on syytä huomata että periaatteessa erilaisia luokittelutapoja voi olla hyvinkin erilaisia. Monet taulukot ovat vain erilaisten ominaisuuksien kombinaatioita. Ne eivät olisi kätevästi puumuodossa esitettäviä, mutta ne ovat kattavia ja systemaattisia. Puurakenne sen sijaan johtuu suoraan siitä että takana on enemmänkin prosessi kuin ilmiö.

Jos katsotaan fylogeniaa, puurakenne johtuu siitä että luokittelu on sellaista että se voidaan kuvata kätevästi "ryhminä ryhmien sisällä". Syntyy ns. "nested hierarchy". Evoluutio synnyttää nimenomaan tämänlaisia rakenteita koska se perustuu vähittäiselle kehittymiselle. (Jopa kreationistit ymmärtävät että välimuotojen puute olisi ongelma evoluutiolle, ja he ymmärtävät että mitä tahansa ei voi nähdä välimuotona). Evoluutio synnyttää "luokkia luokkien sisällä", jossa suuret pääjoukot jakautuvat pienempiin ja pienempiin kokonaisuuksiin, koska siinä entiset sukupolvet ovat pohjana kun mutaatioita karttuu yksilöihin ja populaatioihin.

Tämä tekee evoluutiosta kohteen joka tapahtuessaan sitoutuu matemaattiseen konseptiin nimeltä markovin ketju. Markovin kehittämässä matematiikassa tarkastellaan stokastisia prosesseja joissa edellinen tila vaikuttaa seuraavaan vaiheeseen. Iteraatio synnyttää paitsi satunnaiskävelyä, myös erilaisia jakautuvia puurakenteita. Tämänlaisella ajattelulla on voimaa skenaariopohjaisissa ajatuksissa, ja jossain mielessä evoluutio on nimeonomaan sitä että luonto tarjoaa kasan skenaarioita joista toiset saavat jatkaa ja toiset kuivuvat kokoon. Ja kokonaisuutena syntyy puumainen kokonaisuus jonka huipulla on sen hetken elossaoleva biodiversiteetti.

Asia on tietysti matemaattisesti melko syvällinen. Esimerkiksi Givnish ja Sytsma "Consistency, characters, and the likelihood of correct phylogenetic inference" esimerkiksi kuvaa miten stokastiset iteratiiviset prosessit, joka evoluutio on, tuottaa juuri tietynlaisia "luokkia luokkien sisällä" -rakenteita jotka on näppärä esittää puumuodossa. Tämä on se syy minkä vuoksi markovin ketjuihin kuuluvia matemaattisia kaavoja käytetään taksonomiassa. ; Ja samasta syystä erilaiset taksonomiset järjestelmät todistavat evoluutiosta. Kysymys ei ole pelkästään siitä että asiat ovat jollain tavalla analogisia. Kysymys on siitä että asiat ovat analogisia tietyillä hierarkisilla tavoilla. Joissa tarkastellaan nimenomaan eläinten ominaisuuksia eikä niiden nimiä.

Miksi miekkailu on kätevää esittää juuri puuna - eikä esimerkiksi matriisina?

On erinomaisen hyvä lähestyä asiaa sillä että taksonominen luokittelu ei itse asiassa sovi hyvin vaikkapa atomejen luokitteluun. Windsor itse asiassa esittääkin että miekkailutekniikoissa puumaisuus ei ole täydellinen tapa kuvata asiaa. Hän lähestyy asiaa sitä kautta että puurakenne on opetettavissa. "Pedantry compels me to point out here that this classification system is not as absolute as that for living beings; a single type of blow can exist with several, even all, weapons, unlike a living species which can only be in one Class, Phylum, etc. But the purpose of Art is to order the natural world into systems so that they can be studied and taught." Ajatus on hyvä. Mutta ei vastaa siihen miksi meillä on puurakenne eikä vaikka taulukkoa tai mind palacea. ; Windsor selittää miksi systemaattisuudesta on hyötyä minkä tahansa asian opettelussa. Mutta hän ei selitä miksi käyttää juuri tuota tiettyä systemaattisuuden muotoa.

Hän on tietysti hyvin kiinnostunut opettamismenetelmistä ... koska se nyt on se mitä hän tekee työkseen ... joten ajatus siitä että systemaattiset asiat voidaan takoa parhaiten ammattitaidoksi on aivan luonteva lähestyminen. Mutta itseäni kiinnostaa hieman eri puoli elämästä ja maailmasta, joten en yksinkertaisesti malta jäädä tähän.

Toki olisi mahdollista, että erilaisia muitakin rakenteita voitaisiin käyttää ja koska jotain joudutaan valitsemaan niin miksi ei puurakennetta. Mutta itse uskon että asian takana on sekin että tosiasiassa miekkailu nimenomaan on jotain joka ei ole vain kasa erilaisia tekniikoita. Se on martial art nimenomaan sen takia että se kuvaa prosessia. Siinä on tiettyjä hyviä alkutiloja (vaikka tietyt stancet) ja näistä voidaan valita tiettyjä jatkotapoja, mutta ei mitä tahansa. Vastapuoli taas joko häviää "kuolee" tai sitten hän käyttää jotain rajallista joukkoa vastatekniikoita. Joihin taas on vastattava tietyillä tavoilla jotta "alkuperäinen hyökkääjä ei häviäisi "ja kuolisi" pois pelistä.

Väitänkin siis astetta pidemmälle kuin Windsor. Että Kokonaisuus on kätevimmin kuvattavissa nimenomaan puumuodossa. Kaikki tekniikat eivät kenties sovi aivan supernäppärästi puuhun mutta jos miekkailua katsotaan tapahtumana, kyseessä on sarja tapahtumia jotka muodostavat prosessisarjoja joissa on välivaiheita jotka riippuvat edellisestä välivaiheesta. Ja tämä Systeemi tekee miekkailutaidosta jotain paljon enemmän kuin kasan temppuja.

Peräaukkonsa reunat

Markus Kajon "Kettusen paluu:ihmisen käsikirja" pitää sisällään muutaman kerran toistuvan vitsin torusihmisistä ; Eli ihminen on topologisesti rinkula. (Kuvassa torus/topologinen ihminen.) Tällä omituisella faktalla huvitellaan. Tämä tiivistyy ihmisen olemassaoloon evoluutiohistoriaa kuvaavassa luvussa ja päätyy loppukaneettiin "Evoluution taipaleella ihminen on ehtinyt olla milloin lintuna, milloin kalana tai apinana, mutta periaatteessa ihmisen rakenne on - edelleenkin - yksinkertainen: ihminen on vain peräaukkonsa reunat."

Toki Kajon lausunnassa on "komediallista tarkkuutta mutta tieteellistä epätarkkuutta", esimerkiksi silloin kun hän esittää että "ihminen olisi ollut lintuna", on selvää että määritelmällisesti ihminen ei ole ollut lintu, vaan matkan varrella on tapahtunut muutosta. Toisaalta Kajon keksintö muistuttaa siitä että ihmiset ajattelevat liian usein olemusajattelun kautta ja tätä kautta lajien muokkautumista toisiksi lajeiksi ei ymmärretä oikein. (Evoluutioteorian väitetään tässä valossa väittävän sellaista mitä se ei väitä, ymmärtäminen ei siis tässä kohden vaadi samaa kuin evoluutioteorian sisällön hyväksymistä, vaikka kirjoittaja toki sen hyväksyykin.) Tässä mielessä "Kajon virhe" on kuitenkin mahdollisesti "vallitsevaa virheellistä ajattelua korjaavaa mallia".

mutta siinä on kuitenkin hyvin tärkeä muistutus. Evoluutiohistorian tutkimuksessa mukana on fossiilejen rakenteen analyysiä joka on pohjimmiltaan vertailua. Kuitenkin tämä vertailu ei ole mitä tahansa analogiaa, vaan sen analyysit perustuvat topologisiin keksintöihin. Aivan kuten evoluutiota nähdään liian helposti olemusajattelun kautta, taksonomiaa nähdään pelkästään analogiapäättelynä "noin yleisemmin" - ja tämäkin on evoluutioteorian väärinkäsittämistä. Pelkästä analogiasta noustaan spesifimpään analogioiden käsittelyyn; on topologisista eroista ja niiden rakentamista hierarkioista.

Markus Kajon topologia auttaa tässä sen verran että on puhuttava homeomorfismista, joka on yksinkertaisesti sitä, että asiat ovat homeomorfisia jos niitä voidaan muuttaa toisikseen "venyttämällä tai supistamalla" olevia osia ilman että osia lisätään tai rikotaan. Tämäntapainen on yksinkertaisimmillaan jotain jota voi tehdä yksinkertaisella kuvankäsittelyeditorilla venyttämällä kuvassa olevia viivoja ja venyttämällä muita viivoja rikkomatta yhteyksiä (kuten ohessa olevat keskenään homeomorfiset muodot ehkä valaisevat).

Lajien kohdalla tämä vertailu ja sen spesifisyys on tietysti astetta mutkikkaampia koska niissä ei ole kysymys vain muutamasta viivasta ja yksinkertaisista geometrisista muodoista, mutta sama idea kuitenkin tiivistyy siihen malliin miten Richard Dawkins selittää asian "Maailman hienoin esitys" -kirjassaan siihen miten kaikkien selkärankaisten rakenne rakentuu mukaillen vanhaa lastenlorua joka alkaa "Your toe bone connected to your foot bone" ... vaikka samanlaisilla osasilla voitaisiin tietysti periaatteessa koota muunlaisiakin kokonaisuuksia. Evoluutiossa tämänlaatuiset ilmiöt ovat odotettavissa. Rakenteiden homologisuus ei siis ole "mielipidekysymys" tai niiden vakuuttavuus kyseenalaistettavissa samalla tavalla kuin analogia-argumenttien kohdalla on epäanalogioiden kohdalla.

Toki tämä ylläolevakin on vain yksinkertaistus. Sillä tosiasiassa myös uusia rakenteita voi syntyä ja vanhoja surkastua jopa kokonaan pois. Tätä kautta on viitattava Wilkinsiin joka muistuttaa mielenkiintoisesti, että taksonomiassa käytetään paljon Tverskyn samanlaisuuksien arviointiin käyttämää menetelmää. Samanlaisuus on tässä relaatio, jossa kohde ja toinen kohde ovat suhteessa toisiinsa, ja niiden rakenteiden päällekäisyydet kasvattavat samanlaisuutta ja uniikkiudet erottavat toisistaan. Kun tämä otetaan keskiöön, voidaan selvittää sitä, mitkä piirteet ovat olennaisia. Wilkins nostaa tästä esiin olennaisen huomion (jonka kreationistit tuntevat, mutta eivät sen ratkaisua) "What is crucial to understanding similarity like this, which was developed for a generic psychological account and not just for science, is that the choice of features to evaluate (which may be entirely unconscious, or a cultural convention, or even biologically imposed) determines what counts as similarity in each case. With a different feature set, different similarity indices might arise, and indeed the history of science has been one of finding the "right" feature set."

Siksi Dawkinskaan ei jää kahden kohteen samanlaisuuksiin ja erilaisuuksiin, vaan jatkaa kirjassaan samanlaisuuksien vertailua laittamalla hierarkisempia puita. Kun samanlaisempia laitetaan yhteen ja niitä järjestetään syntyy nested hierarchy. ; Carl von Linné onnistui järjestämään eliökunnan hierarkiseen järjestykseen, mutta sama ei toiminut kivillä vaikka kiviäkin voitiin asetella analogisten mallien tapaan erilaisiin järjestelmiin (ja autotkin lainaavat innovaatioita toisista ketjuista, joten niissäkin samoja innovaatioita käytetään monessa eri suunnassa siten että ne "loikkivat" melko vapaasti. Näin autotkaan eivät rakenna nested hierarchyjä vaikka moni mies tietysti onkin autoissaan esimerkiksi merkkiuskollinen.)

Evoluutiossa tutkitaan erilaisia analogisia rakenteita (yhteinen toiminto, samaan ongelmaan samankaltainen ratkaisu) ja homologisia (peritty ratkaisu) osia erotellaankin toisistaan, katsotaan mikä innovaatio on ratkaisu samantapaiseen ongelmaan ja mikä perittyä. Usein tähän löytyy avaimia nimenomaan "Dawkinsin lorun kaltaisista joskin tieteellisesti spesifimmeistä apuvälineistä". Esimerkiksi maamyyräsirkalla ja maamyyrällä (nykyään virallisesti kontiainen, mutta olen jotenkin kiintynyt vanhaan nimeen) on samantapainen mekaniikka ryömiä maan alla. Mutta ne eivät ole lähisukulaisia, vaan rakenne yhdistää maamyyräsirkan selvästi suorasiipisiin ja maamyyrän nisäkkäisiin, eikä tämä yhdistelmä ole vain analogisten piirteiden mielivaltaisesta valinnasta; Kontiaisen ja maamyyräsirkan samanlaisuudet eivät ole "oikeanlaista analogisuutta". Ratkaisu olennaisista ja epäolennaisista analogioista tulee kladistiikan kautta.

Olkiukottaminen, vääristely ja erilaiset näkökulmat.

Net Missionissa mietittiin keinoja käännyttää evoluution kannattajia. Ilosanomaa halutaan jakaa erityisesti niille jotka ovat sille erityisen vastahankaisia. Sillä uskonnonvapaus on sitä että jokainen saa kertoa vakaumuksestaan kaikille jotka haluavat. Ja eivät halua. Ja koska kreationistit ovat kivoja, ystävällisiä ja lempeitä, ja evolutionistit kauheita ja pahoja, on luontevaa käyttää kreationistien teknistä jargonia "aivopestyistä ihmisistä". Sen käyttäminen näyttää heti alkuun miten ystävällisen kohteliaita uskovaiset ovat ja sopii lisäksi yleiseen keskusteluperinteeseen kuin noita rovioon.

Argumentaation ytimessä on kohta "Välimuotojen käsitteellä näyttäisi olevan erilainen sisältö darwinistien teorian kannattajille ja sen vastustajille." Tämän kerrotaan olevan Puolimatkan teesi ja ratkaisu evoluutiokeskusteluun. Olisi huomattava että käytössä on eri määritelmät. Näin ei puhuttaisi ristiin. Evoluution kannattajan tulisi siksi huomata käyttää kreationistien välimuotomääritelmää.

Se, mikä on olennaista, on kuitenkin se, että kysymys on evoluutioteoriasta. Siksi kreationistien täytyisi huomata, että jos heidän määritelmänsä poikkeaa teorian sisältämästä teoriasta, se tarkoittaa samaa kuin olkiukottaminen. On selvää että evoluutioteorian rationaalisuuden ratkaisevat juuri ne välimuodot jotka ovat evoluutioteorian mukaisia. Sen ei tarvitse toimia jonkun ulkopuolisen järjestelmän konstruktion kanssa. Se, että jollain sanalla on monta merkitystä ei vaikuta, koska teorian kohdalla tietyt määritelmät ovat mukana. Jos välimuotofossiiliksi kelpaakin monenlaiset ja kreationistit vaativat juuri tietynlaisia, niin tämän rajoittuneisuuden ei tarvitse olla evoluutikoiden teorian ongelma vaan nimen omaan kreationistien rajoittuneisuutta.
1: Toki linkki näyttää miten Puolimatka itse käyttää sanaa "mosaiikkinen". "vakaumukselliselle darwinistille kelpaa välimuodoksi liskolinnun (Archaeopteryx) kaltainen "mosaiikki". Sen sijaan, että liskolinnun jokainen elin olisi kehittynyt puoliväliin lintujen ja matelijoiden elimistöstä, jotkut sen elimistä ovat linnun kaltaisia kun taas toiset elimet ovat matelijoiden kaltaisia." Tässä argumenttina olisi se, että kreationistien välimuotovaatimus olisi evoluutioteorian mukainen ja evolutionistien ei. Tässä ongelmana on se, että Puolimatkalla kuitenkin selvästi evoluutioteoriasta poikkeava määritelmä. Mosaiikkista tarkoittaa nimen omaan sellainen, että on yhdistelmä kaukana olevista sukupuun haaroista ; Esimerkiksi linnuilla olisi apinoiden rakenteita, eli ominaisuus olisi "vaan pompannut" aivan toiseen haaraan. Liskolintu taas asettuu juuri liskojen ja lintujen yhdistävään välimaastoon, sen ominaisuudet toimivatkin yhdyskanavana eikä jonain joka "loikkaa". ("Loikkaavan" ja "yhdistävän" eron olennaisuus selviää kenties kun jaksaa keskittyä.) Se ei siis ole "mosaiikkinen" evoluutioteorian tavalla. Näin ollen Puolimatka käyttää argumentissa huonoa ja väärää mallia. Hän siis rakentaa olkiukon siitä mitä evoluutioteoria tarkoittaa välimuodolla ja mahdottomalla.
___1.1: Tosin Puolimatka tämän tehdessään rikkoo kreationistien väitteitä - luultavasti huomaamattaan, koska se johtaa mielenkiintoisiin tuloksiin hänen omissa argumenteissaan. Yleinen väite on että evoluutioteoriassa voitaisiin rakentaa mikä tahansa sukupuu ja yhdistää siihen fossiilit miten tahansa. Näin välimuoto ja surkastuma olisivat vain jotain postmodernia tulkintaleikkiä joka tehdään maailmankuvan ennakkonäkemyksen vahvistamiseksi eikä siinä olisi mitään testiä jolla tätä maailmankuvaa voisi kyseenalaistaa. Jos jokin voidaan osoittaa evoluutiolle mahdottomaksi mosaiikkimuodoksi, ei järjestely ole vain tautologista maailmankuvallista tulkintaa jossa ei ole kriittistä kyseenalaistamista. Kyseessä ei olekaan puhdas analoginen sepustelu, vaan nested hierarchy pitää sisällään ennusvoimaa, jotain joka tarjoaa falsifioituvuutta ja koeteltavuutta teorialle.

Tämä on merkittävää, kun muistaa että Puolimatkakin näyttää usein olevan turhautunut siitä että ulkopuoliset määrittelevät esimerkiksi Intelligent Designiä. Hänestä se, että ulkopuolinen määritelmä eroaa sisäpuolen käyttämästä tarkoittaa sitä että Intelligent Design on väärinymmärretty. Hän ei suinkaan ryhdy joustamaan ja keskustelemaan toisen ehdoilla ja määritteillä, vaan pysyy omissaan entistä tiukemmin.

Jostain syystä kreationistit eivät kuitenkaan ole johdonmukaisia ja päättele vastaavalla logiikalla että Puolimatkan huomio on näyttänyt miten kreationistit ovat vääristeleviä valehtelijoita jotka eivät ole ymmärtäneet kritisoimaansa kohdetta. Ja että evolutionistien velvollisuus olisi pahastua tästä keskustelevan kommunikaation puutteesta.

Evoluutio sukulaisuutena, ei samanlaisuutena.

Kreationisteilla on hyvin tiukka suhtautuminen sukulaisuuteen. Esimerkin tästä saa ottamalla Schreherin ja Junkerin "Evoluutio - kriittinen analyysi" kirjan sivun 155. Siellä sanotaan seuraavaa : "Sen, onko kyse sukulaisuudesta geneettisessä merkityksessä, voi selvittää vain henkilökohtainen tieto tai henkikirjat." Kuitenkin elämä on mutkikkaampaa. On esimerkiksi isyystestejä. Itse asiassa niiden antama aineisto ylittää sen "muunlaisen tiedon". Minä voin toki tunnustaa harrastaneeni seksiä naisen X kanssa ja hän voi väittää että hän on harjoittanut seksiä vain minun kanssani. Mutta jos lapsen geenit vihjaavat postinkantajan suuntaan, kyseessä on todiste syrjähypystä.

Sukulaisuudessa on tietysti myös asteita. On vanhempia, sisaruksia, serkkuja, pikkuserkkuja ja monia muita sukulaisuusasteita. Sukulaisuuteen liittyy myös geneettistä yhteyttä - ja eroavaisuuksia. Sukulaisuussuhteen selvittämisessä onkin kysymys itse asiassa vielä eroavaisuuksien ja samanlaisuuksien lisäksi siitä, millä tavalla sitä ollaan samanlaisia ja erilaisia. Tässä asiassa yhteinen kantamuoto voidaan ottaa esiin. Sen hakeminen noudattaa vain samaa logiikkaa kuin mitä sukulaisuussuhteiden arvioinnissa on aina tehty.

Tässä kohden on hyvä tehdä viittaus Wilkinsin kirjoitukseen "Modus Darwin and *real* modus darwinii" Siinä hän muistuttaa Elliot Soberin kannanotosta makroevoluution tutkimukseen. Soberin mielestä siinä on kysymys analogiapäättelystä : "similarity, ergo common ancestry."
1: Ajatus ei tunnu aivan huonolta. Kyllähän mekin epäilemme postimiestä lapsen isäksi ilman geenitestejäkin, jos vauvalla on postimiehen nenä. Tässä on kuitenkin ongelmia ; Jos lapsi sitten teininä muotoilee itselleen samanlaiset viikset kuin postimiehellä, hän on toki analoginen postimiehen kanssa, mutta tämä ei vahvista geneettistä sukulaisuutta. Toki tämä voi heijastaa lapsen halua samastua johonkin yhteisönsä arvostettuun ja arvovaltaiseen kunnon rehtiin virkamieheen, mutta se ei ole "suoraan geneettinen kysymys".

Wilkins -jolta on muuten juuri ilmestynyt taksonomiasta kirja "Species: A History of the Idea" - huomauttaa, että näin ei kuitenkaan ole. Makroevoluutio on paljon hienostuneempi argumentti kuin tämä. Darwin käytti yhteneväisyyttä, ei analogiaa ; Darwinin kuningasajatus oli, että yhteinen kantamuoto selittää taksonomisen järjestyksen luonnossa ; Sen, miksi luonnossa on ryhmä toisen ryhmän sisällä. Taksonomian luokitelman pääraketeen järjestys selitettiin yhteisen kantamuodon kautta, jolloin yhteinen kantamuoto itse asiassa saa evidentiaalista tukea a posteriori sen sijaan että hän olisi a priori olettanut yhteisen kantamuodon ja tulkinnut aineiston tämän perusoletuksen kautta. Ero on olennainen. Sillä se tekee siitä paljon vahvemman teorian.
1: Aikaisemminkin tätä luonnonjärjestystä oltiin tutkittu. Esimerkiksi Linnén voimin. Silloin sitä selitettiin Jumalallisella järjestyksellä. Tässä selityksessä ongelmana oli se, että ei ollut mitään selitystä sille, miksi Jumala oli päätynyt juuri tämänlaiseen järjestelmään. Evoluutioteorian yhteinen kantamuoto taas selittää sen. Luomisnäkökulmassa asia jää "voi olla" -tulkinnan varaan, jossa rakennesuunnitelmaksi tulkitaan mikä tahansa joka löydetään. Selitys on vain sitä miten nykyinen hierarkinen taksonomia on mahdollista. Evoluutioteorian yhteinen kantamuoto sen sijaan selittää miten sen on oltava juuri sellaista eikä muunlaista. Tämä antaa sille niin suuren selitysarvon, joten asian ymmärtäminen on oikeasti olennaista kun tarkkaillaan evoluution ja kreationismin selitysmallien tieteellistä paremmutta.
___1.1: Hupaisaa kyllä, arvon Linné oli hyvin onnellinen eliökunnan luokittelussaan ja hän yritti järjestää myös kiviä ja mineraaleja hierarkisesti. Kuitenkin tämä projekti oli hyvin epäonnistunut ja se oli rakenteeltaan subjektiivinen. Elottomien järjestelmien yksiselitteinen hierarkinen luokittelu ei ole itse asiassa mahdollista. Toki tämä tuo mukanaan erilaisia ongelmia myös varsinaiselle taksonomialle. Linnén epäonnistuminen kivien kanssa ja onnistuminen eliöiden kanssa johtuu siitä että järjestäminen on eri tasoilla yksiselitteisempää ; "cladistic hierarchical structure" on arvio joka oikeasti kiinnostaa taksonomeja. Kreationistit muistavat toki usein, että mistä tahansa saadaan rakennettua hierarkinen puu. Mutta he unohtavat että tässä on eri tasoisia loikkauksia. Samanlaisuuden määrän ja erilaisuuden määrän lisäksi on katsottava mitkä yksittäiset piirteet ovat samanlaisia ja erilaisia missäkin. Näin "järjestetty puu" voi olla selvästi huono ja subjektiivinen - kuten Linnén kivet - tai hyvä -kuten Linnén eliöt.
2: On selvää että evoluutioteoria ei rakennu pelkän analogian varaan. Sillä esimerkiksi Comfortin vaatima krokoankka itse asiassa kumoaisi makroevoluution, koska se ei totaalisti sopisi evoluutiopuuhun joka nyt eri piirteistä on rakennettu.

Wilkins on jopa etsinyt lainauksia Darwinin "Origins of Species" -kirjasta, jossa pelkkä analogia kiistetään. Kaikki ne ovat omalla tavallaan oleellisia, mutta niiden kaikkien toistaminen olisi hieman turhaa. Mielestäni tiivein niistä on seuraava "Such expressions as that famous one of Linnæus, and which we often meet with in a more or less concealed form, that the characters do not make the genus, but that the genus gives the characters, seem to imply that something more is included in our classification, than mere resemblance. I believe that something more is included; and that propinquity of descent, -the only known cause of the similarity of organic beings,-is the bond, hidden as it is by various degrees of modification, which is partially revealed to us by our classifications." Tämä on jo melko nerokasta päättelyä, jossa analogian sijasta on kysymys paljon yksityiskohtaisemmasta päättelyketjusta.

Taksonomiassa onkin selvästi kyse muustakin kuin pelkkien samanlaisuuksien katsomisesta. Mukana on myös erilaisuuksien katsomista. Taksonominen hierarkisuus on olennaista. Kenties sellaiset termit kuten Fisherin teksteistä tuttu sanapari "maximum likelihood" huijaavat mielen katsomaan taksonomian evoluutioteorialle antaman todistusvoiman olevan analoginen päätelmä. Kyseessä on kuitenkin myös laajemmasta järjestyksestä. Tätä samanlaisuuksien ja erilaisuuksien tietynlaista suhdetta toisiinsa, laajempaa järjestystä, kutsutaan nimellä nested hierarchy. Siinä on kyse juuri siitä mistä Darwin ja Wilkins yrittävät tekstissään kertoa. Taksonomiassa on toistensa sisään siististi lomittuvia luokkia.

Siististi lomittuvilla luokilla makroevoluutio voitaisiin jopa falsifioida. Lainaan tässä kohden "Talk.Originsia" , kohdassa on melko pitkä lista nykyiseen hierarkiaan sopimattomista osista, jotka estäisivät "oikeanlaisen hierarkian" rakentamisen. Halusin mukaan myös olennaisen vertauksen autoihin, koska se kuvastaa miten luokitelma autoilla(design) rikkoo hierarkiaa, jolloin nähdään miten hierarkisuus ei ole mitenkään ilmiselvää. "Certain fish or amphibians could have differentiated or cusped teeth, but these are only characteristics of mammals. A mix and match of characters like this would make it extremely difficult to objectively organize species into nested hierarchies. Unlike organisms, cars do have a mix and match of characters, and this is precisely why a nested hierarchy does not flow naturally from classification of cars."

Tässä suhteessa Intelligent Designin edustaja Behe onkin myöntänyt yhteisen kantamuodon järkevyyden ; Hän sanoo suoraan "Edge of Evolution" -kirjansa sivulla 65 että : "Over the next few sections I'll show some of the newest evidence from studies of DNA that convinces most scientists, including myself, that one leg of Darwin's theory - common descent - is correct." Kuitenkin vain harva Intelligent Designisti tai kreationisti on samaa mieltä. He kiistävät yhteisen kantamuodon esimerkiksi vetoamalla siihen että evoluutiossa sukulaisuustutkimus keskittyy vain analogiaan. Eli että analogisuus johtuu sukulaisuudesta. Ja että analogisuudelle voi olla muukin syy. Makroevoluution (yhteisen kantamuodon teoriasta johtuva seuraus) analogiaksi mainitsevat kreationistit tosin pitävät tätä usein heikkoutena. Vaikka he itse pitävät analogiaa erittäin tärkeänä ja olennaisena päättelymekanismina, jota ilman heidän omat rakennelmansa luonnon suunnitelmallisuudesta kumoutuisivat totaalisesti.