Näytetään tekstit, joissa on tunniste homologia. Näytä kaikki tekstit
Näytetään tekstit, joissa on tunniste homologia. Näytä kaikki tekstit

lauantai 21. tammikuuta 2012

Peräaukkonsa reunat

Markus Kajon "Kettusen paluu:ihmisen käsikirja" pitää sisällään muutaman kerran toistuvan vitsin torusihmisistä ; Eli ihminen on topologisesti rinkula. (Kuvassa torus/topologinen ihminen.) Tällä omituisella faktalla huvitellaan. Tämä tiivistyy ihmisen olemassaoloon evoluutiohistoriaa kuvaavassa luvussa ja päätyy loppukaneettiin "Evoluution taipaleella ihminen on ehtinyt olla milloin lintuna, milloin kalana tai apinana, mutta periaatteessa ihmisen rakenne on - edelleenkin - yksinkertainen: ihminen on vain peräaukkonsa reunat."

Toki Kajon lausunnassa on "komediallista tarkkuutta mutta tieteellistä epätarkkuutta", esimerkiksi silloin kun hän esittää että "ihminen olisi ollut lintuna", on selvää että määritelmällisesti ihminen ei ole ollut lintu, vaan matkan varrella on tapahtunut muutosta. Toisaalta Kajon keksintö muistuttaa siitä että ihmiset ajattelevat liian usein olemusajattelun kautta ja tätä kautta lajien muokkautumista toisiksi lajeiksi ei ymmärretä oikein. (Evoluutioteorian väitetään tässä valossa väittävän sellaista mitä se ei väitä, ymmärtäminen ei siis tässä kohden vaadi samaa kuin evoluutioteorian sisällön hyväksymistä, vaikka kirjoittaja toki sen hyväksyykin.) Tässä mielessä "Kajon virhe" on kuitenkin mahdollisesti "vallitsevaa virheellistä ajattelua korjaavaa mallia".

mutta siinä on kuitenkin hyvin tärkeä muistutus. Evoluutiohistorian tutkimuksessa mukana on fossiilejen rakenteen analyysiä joka on pohjimmiltaan vertailua. Kuitenkin tämä vertailu ei ole mitä tahansa analogiaa, vaan sen analyysit perustuvat topologisiin keksintöihin. Aivan kuten evoluutiota nähdään liian helposti olemusajattelun kautta, taksonomiaa nähdään pelkästään analogiapäättelynä "noin yleisemmin" - ja tämäkin on evoluutioteorian väärinkäsittämistä. Pelkästä analogiasta noustaan spesifimpään analogioiden käsittelyyn; on topologisista eroista ja niiden rakentamista hierarkioista.

Markus Kajon topologia auttaa tässä sen verran että on puhuttava homeomorfismista, joka on yksinkertaisesti sitä, että asiat ovat homeomorfisia jos niitä voidaan muuttaa toisikseen "venyttämällä tai supistamalla" olevia osia ilman että osia lisätään tai rikotaan. Tämäntapainen on yksinkertaisimmillaan jotain jota voi tehdä yksinkertaisella kuvankäsittelyeditorilla venyttämällä kuvassa olevia viivoja ja venyttämällä muita viivoja rikkomatta yhteyksiä (kuten ohessa olevat keskenään homeomorfiset muodot ehkä valaisevat).

Lajien kohdalla tämä vertailu ja sen spesifisyys on tietysti astetta mutkikkaampia koska niissä ei ole kysymys vain muutamasta viivasta ja yksinkertaisista geometrisista muodoista, mutta sama idea kuitenkin tiivistyy siihen malliin miten Richard Dawkins selittää asian "Maailman hienoin esitys" -kirjassaan siihen miten kaikkien selkärankaisten rakenne rakentuu mukaillen vanhaa lastenlorua joka alkaa "Your toe bone connected to your foot bone" ... vaikka samanlaisilla osasilla voitaisiin tietysti periaatteessa koota muunlaisiakin kokonaisuuksia. Evoluutiossa tämänlaatuiset ilmiöt ovat odotettavissa. Rakenteiden homologisuus ei siis ole "mielipidekysymys" tai niiden vakuuttavuus kyseenalaistettavissa samalla tavalla kuin analogia-argumenttien kohdalla on epäanalogioiden kohdalla.

Toki tämä ylläolevakin on vain yksinkertaistus. Sillä tosiasiassa myös uusia rakenteita voi syntyä ja vanhoja surkastua jopa kokonaan pois. Tätä kautta on viitattava Wilkinsiin joka muistuttaa mielenkiintoisesti, että taksonomiassa käytetään paljon Tverskyn samanlaisuuksien arviointiin käyttämää menetelmää. Samanlaisuus on tässä relaatio, jossa kohde ja toinen kohde ovat suhteessa toisiinsa, ja niiden rakenteiden päällekäisyydet kasvattavat samanlaisuutta ja uniikkiudet erottavat toisistaan. Kun tämä otetaan keskiöön, voidaan selvittää sitä, mitkä piirteet ovat olennaisia. Wilkins nostaa tästä esiin olennaisen huomion (jonka kreationistit tuntevat, mutta eivät sen ratkaisua) "What is crucial to understanding similarity like this, which was developed for a generic psychological account and not just for science, is that the choice of features to evaluate (which may be entirely unconscious, or a cultural convention, or even biologically imposed) determines what counts as similarity in each case. With a different feature set, different similarity indices might arise, and indeed the history of science has been one of finding the "right" feature set."

Siksi Dawkinskaan ei jää kahden kohteen samanlaisuuksiin ja erilaisuuksiin, vaan jatkaa kirjassaan samanlaisuuksien vertailua laittamalla hierarkisempia puita. Kun samanlaisempia laitetaan yhteen ja niitä järjestetään syntyy nested hierarchy. ; Carl von Linné onnistui järjestämään eliökunnan hierarkiseen järjestykseen, mutta sama ei toiminut kivillä vaikka kiviäkin voitiin asetella analogisten mallien tapaan erilaisiin järjestelmiin (ja autotkin lainaavat innovaatioita toisista ketjuista, joten niissäkin samoja innovaatioita käytetään monessa eri suunnassa siten että ne "loikkivat" melko vapaasti. Näin autotkaan eivät rakenna nested hierarchyjä vaikka moni mies tietysti onkin autoissaan esimerkiksi merkkiuskollinen.)

Evoluutiossa tutkitaan erilaisia analogisia rakenteita (yhteinen toiminto, samaan ongelmaan samankaltainen ratkaisu) ja homologisia (peritty ratkaisu) osia erotellaankin toisistaan, katsotaan mikä innovaatio on ratkaisu samantapaiseen ongelmaan ja mikä perittyä. Usein tähän löytyy avaimia nimenomaan "Dawkinsin lorun kaltaisista joskin tieteellisesti spesifimmeistä apuvälineistä". Esimerkiksi maamyyräsirkalla ja maamyyrällä (nykyään virallisesti kontiainen, mutta olen jotenkin kiintynyt vanhaan nimeen) on samantapainen mekaniikka ryömiä maan alla. Mutta ne eivät ole lähisukulaisia, vaan rakenne yhdistää maamyyräsirkan selvästi suorasiipisiin ja maamyyrän nisäkkäisiin, eikä tämä yhdistelmä ole vain analogisten piirteiden mielivaltaisesta valinnasta; Kontiaisen ja maamyyräsirkan samanlaisuudet eivät ole "oikeanlaista analogisuutta". Ratkaisu olennaisista ja epäolennaisista analogioista tulee kladistiikan kautta.

maanantai 14. maaliskuuta 2011

Samiksia ja Wannabeita.

Eläinkunnassa on monella tavalla samanlaisia olentoja. Homologiset piirteet ovat samantapaisia piirteitä, joiden syy on geneettinen. Eliöt ovat piirteiltään samanlaisia koska niillä on (suhteellisen läheinen) sukulaisuussuhde. Toisaalta piirteet voivat olla analogisia, jolloin ne johtuvat yhteisestä ympäristöstä, jolloin samaan elinympäristöön ja samantapaiseen elämäntapaan tarvitaan samanlaisia rakenteita. Näin kaukaisissa sukulaisissa, kuten maamyyrässä ja maamyyräsirkassa, voi olla yhteisiä piirteitä.

Sitten on mimicry. Sen lähestyminen onkin hieman mutkikkaampaa. Alfred Russell Wallace määritteli mimicryn piirteeksi, jossa eliöt muistuttavat toisiaan vaikka ne eivät ole läheistä sukua. Tämän lisäksi korostui suojeleva yhdennäköisyys ; Toisen lajin on matkittava toista lajia koska tästä on jonkinlaista hyötyä.

Mimicry onkin tavallaan melko lähellä suojaväritystä ; Eliö, joka teeskentelee kiveä, oksaa tai lehteä, tai joka kätkeytyy muuten vaikka kaarnan pinnalle, saa suojaa koska se teeskentelee jotain muuta kuin on.

Varsinaisessa mimicryssä on kuitenkin mukana liikkuvien kohteiden imitointi. Naamioitumisen sijasta se onkin usein selvästi erottautumista. Mimicryssä on kaksi päätyyppiä : Ensimmäisessä suojaton laji matkii puolustuskykyistä lajia. Näin esimerkiksi kärpänen saa suojaa jos se näyttää pistävältä ampiaiselta. Toisessa kyseessä on loisinta, jolloin esimerkiksi kimalaispesässä loisiva matkii kimalaista niin tehokkaasti, että kimalaiset eivät huomaa eroa. Naamioituminen voi tapahtua monella tasolla, kuten ulkonäkössä tai vaikkapa hajussa.

Kaikissa mimicryn luokissa matkiva laji ja matkittava laji elävät samalla alueella. Ja matkittava laji on yleisempi. Muunlaisissa olosuhteissa matkiminen ei ole kannattavaa.

maanantai 13. syyskuuta 2010

Samanlaisuuden etäisyys.

"Last night I saw a turtle / It looked like a grenade. / I picked it up and threw it. / No explosion was made."
("Weird poems, Strange Hymes" ; "Turtle")

John Wilkins mietiskeli samanlaisuutta. Aihe on vaikea, koska samanlaisuutta käytetään paljon. Mutta monet analogiat ovat yksinkertaisesti huonoja. Hän aloitti asian lainaamalla Nelson Goodmania : "Similarity, I submit, is insidious. And if the association here with invidious comparison is itself invidious, so much the better. Similarity, ever ready to solve philosophical problems and overcome obstacles, is a pretender, an impostor, a quack. It has, indeed, its place and its uses, but is more often found where it does not belong, professing powers it does not possess." Syynä on se, että tilanne jossa jotkut asiat muistuttavat toisiaan, on itse asiassa vaikea lähtökohta. Vaikeuksia tulee etenkin jos omat ennakkoluulot liittävät asiat yhteen.

Wilkins lähestyy asiaa sitä kautta että voidaan tarkastella useita ominaisuuksia, ja saadaan Hamming Distance, joka kertoo kuinka paljon asia muistuttaa toisiaan. Komponentit ja niiden ominaisuudet ovat tätä kautta vertailussa. Wilkins mainitsee myös Tverskyn käyttämän samanlaisuuden tunnistamiskeinon. Tässä ongelmana on se, että kaava eräällä tavalla tarjoaa ne vastaukset joita siihen laitetaan. Uutta tietoa ei tule. Ja ongelmana on tietysti sekin, mitä samanlaisuus sitten oikeastaan loppujen lopuksi kertoo.

Evoluutikkona on ehkä mielenkiintoista huomata, että Charles Darwin käytti analogiaa perustellessaan evoluutioteorian olennaista osaa, luonnonvalintaa. Hän teki tarkkailua jalostajien puolella, jossa jalostajan valitsemat yksilöt muuttivat populaatioita, valinnalla syntyi hyvin erilaisia kantoja. ja esitti että luonnossa tapahtuu luonnollista valintaa. Tämä oli analogia.

Olennainen ja mielenkiintoinen tieto on tietysti perimän osa tässä. Nykyisin tiedetään että luonnonvalinta vaikuttaa geenifrekvensseihin olennaisesti samalla tavalla kuin jalostajan tekemä valinta. Tätä yhteistä syytä voidaan siis testata, ja yhteys on löytynyt korrelaatioiden ja empiirisen testaamisen kautta. Ilman tälläistä analogia olisi enemmänkin vain pelkkä "mielenkiintoinen arvaus".

Taksonomian kannalta samanlaisuus on tietysti ollut keskeisessä roolissa. Wilkinsin kirjoitus olikin itse asiassa saanut kipinänsä aikaisemmasta, taksonomiaa koskevasta, jutusta. Tällöin työn alla oli homologiat ja analogiat taksonomian puolella ; Taksonomiassa erilaiset järjestykset ja luokittelut joilla eläimiä laitetaan yhteen ja erikseen vaatii vertailua. On samanlaisia osia, jotka ovat suhteessa toisiinsa.

Omasta mielestäni on mielenkiintoista, että tässäkin DNA on mukana. Voidaan erottaa koevoluution kautta voidaan tunnistaa onko eläimet "lähellä sukulaisia" vai ei. Maamyyräsirkka muistuttaa monilta ominaisuuksiltaan maamyyrää. Mutta samanlaisuus ei johdu sukulaisuudesta vaan konvergentista evoluutiosta ; Tietynlainen toiminta ja ekologinen lokero vaatii tietynlaisia rakenteita. Näin luokitteluussa on mukana myös lisäelementti, joka antaa vertailuun tietoa siitä mikä on olennaista samanlaisuutta ja mikä ei.

keskiviikko 4. marraskuuta 2009

Toivottomat hirviöt.

Evoluutiossa tulee yleensä ensin mieleen kahdenlaiset aineistot. Ne pitää ikään kuin aina liittää siihen, ainakin jos kadunmieheltä kysytään:
1: Ensinnäkin on fossiiliaineisto, joka selvittää eliökunnan rakenteen muutosten vauhtia, tasaisuutta ja muita vastaavia ilmiöitä. (Ja fossiilit tuntuu vakuuttavilta koska ne ovat konkreettisia.)
2: Toinen on genetiikka ja sen muutokset. (Jotka taas tuntuvat vakuuttavilta koska ne ovat niin "scienceyh".) Rakenteet ovat tarkkailussa keskiössä, koska evoluutioon liittyy olennaisesti jonkinlainen vaikutus. Koska luonnonvalinta koskee juuri hengissä selviämistä, kelpoisia ovat vain geenit ja rakenteet jotka vaikuttavat tähän jotenkin. Tässä arkikäsityjsessä on tietysti jotain järkeä.

Rakennetutkimus.

Kun tarkastellaan rakenteita, on yleensä tavoitteena rakentaa analyysi siten että homologiset ja analogiset piirteet toisistaan jotenkin. Hiiren ja ihmisen raajoissa on samankaltaisia piirteitä. Ne ovat homologisia, koska niillä on samanlaiset rakenteet. Vaikka niillä on hieman erilaisia toimintoja. Tälläisistä erilaisista raajoista saadaan homologiasarjoja. Tietysti yksi sarja ei sano paljoa, ne yhdistetään toisiinsa. Tätä kautta voidaan esimerkiksi ottaa kylkiluiden, hampaiden ja raajojen homologiasarjoja ja katsoa ovatko ne samanlaisia.

Iso osa tutkimuksesta onkin sitä että muutosten määrää, laatua ja sijaintia tarkkaillaan. Tässä fossiilisto on arvokas tietolähde. Nämä rakenteet eivät ole perusluonteeltaan satunnaisia: Samuel Willistonin mukaan nimetty Willistonin laki sanookin että evoluution kuluessa "osien määrällä on taipumus vähentyä ja nämä harvemmat osat ovat toiminnaltaan erikoistuneempia." Varhaisilla lajeilla onkin tyypillisesti jonkinlainen kaavamainen, toistuva, rakenne. Myöhemmin näistä osista osa erikoistuu:
1: Jos aiheena olisivat jalat, "varhaiset otukset" olisivat tuhatjalkaisen kaltaisia: Niissä on samanlaisia jaokkeita joissa on samanlaisia jalkoja, ja näitä on "niin maan perkeleesti". Sen sijaan hummeri on "myöhäisempää perua", jonka antennit, sakset, kävelyraajat ja muut raajat ovat muotoutumia "perusraajasta". Yksi osa kasvaa toista kauemmin, kääntyy, on paksumpi. Ja näin toisella kävellään, yhdellä saksitaan osia ja kolmannet osoittelevat ja heiluvat ympäriinsä jotta niiden kautta saadaan tuntoaistiin perustuvaa tietoa ympäristöstä ja sen tapahtumista.

Tämä ei ole mikään "rikkomaton laki", sillä monet muutokset voivat lisätä rakenteiden määrää. Kuitenkin on hyvä sanoa että perusrakenteet ovat ensin syntyneet, sitten monistuneet, ja tämän jälkeen niille on kehittynyt erikoistuneita toimintoja. Ja samalla on vähemmän toistumia. Mutta se on silti hyvä sääntö, se kattaa alleen paljon.

Rakenteen muutokset ja evoluutio tuovat heti mieleen "X -menit". Ylimääräisiä raajapiikkejä, regeneraatiota. Tällaisen skenaarion nimi olisi "Hopeful Monster", ja sitä kannattavaa, historian pyörteisiin jäänyttä ja tallattua, evoluution kuvaa, kutsutaan saltationismiksi.

Ehkä lähimpänä saltationismia ovat polydaktylia, jossa henkilöllä on ylimääräisiä sormia. Minulla taas on (ollut) ylimääräisiä hampaita (jotka on tietysti revitty hammaslääkärissä irtipois). Tälläisiä muutoksia tunnetaan yllättävän paljon. Osa niistä on tietysti muusta kuin geeneistä : Talidomi, jota käytettiin raskauspahoinvointilääkkeenä, aikaansai epämuodostumia, ympäristötekijänä.

"Mutantit" ovat arki -ihmisen mielessäkin helposti sellaisia että niillä on vaikka ylimääräinen raaja. Bateson itse asiassa listasi valtavan määrän tälläisiä luonnonoikkuja "Material for the study of Variation" -tutkimukseensa. Hirviöt eivät olleet "satunnaisia", vaan niillä oli tietynlaisia eroja. Kuten hyönteisiä joilla yhden tai molempien tuntosarvien tilalla oli jalka. Rakenteita, kuvioita tai muita saattoi olla enemmän tai vähemmän kuin normaaleilla. Ja jokin rakenne saattoi olla korvannut toisen raajan paikan. Bateson itse luokitteli kahteen osaan:
1: Homeoottiset muutokset, joissa yksi ruumiinosa muuttui jonkin toisen raajan kaltaiseksi.
2: Osien lukumäärä muuttui.

Tämä ei tietenkään kerro paljoakaan "toiveikkaista hirviöistä" tai muista vastaavista, koska nämä erot ovat yleensä haitallisia. Gould olikin aiheesta sitä mieltä että nämä olivat yksilöinä toivottomia, mutta tiedollisesti avuksi. Toisin sanoen evoluutio ei hypi saltaatioteorian olettamalla tavalla isoissa hypyissä.

Genetiikan tutkimus.

Muutokset johtuvat tietysti geeneistä. Kivettyneistä ja mineralisoituneista fossiileista ei ole DNA -lähteeksi tutkimuksiin. Siksi on yleistettävä siitä mitä nähdään siihen mitä ei nähdä. (induktio) Geenien vaikutuksia voidaan tutkia geenejä ja alkionkehitystä sekä lopullista eläinten rakennetta tutkimalla. (deduktiivisesti) Tätä kautta tehdään tutkimusta jossa katsotaan että kun geeni muuttuu jollain tavalla, tästä on tiettyjä vaikutuksia lopulliseen otukseen. Ja muutos on tietysti jonkinlainen muutos siinä miten eliö rakentuu. (Asiaa voidaan tietysti tarkistaa jonkin verran vertailemalla geeneistä rakennettuja evoluutiopuita: Geenit, alkiot ja historia nivotaan tätä kautta eräällä tavalla sivutestillä yhteen.)

Kun tiedetään että rakenteet ohjautuvat DNA:n kautta, voidaan siirtyä HOX -geeneihin. Ne ovat geenejä, jotka vaikuttavat toisten solujen kehittymiseen, asettumiseen ja erikoistumiseen. HOX -geeneistä on saatu tietoa tuottamalla erilaisia luonnonoikkuja. Muutoksen ei tarvitse olla hyödyllinen, koska ne tutkivat sitä miten ne vaikuttavat.

Ne yksinkertaisesti pistävät rakenteet kasvamaan tiettyihin paikkoihin. Ne ovat vahvasti yhdistävä piirre vaikkapa kärpästen ja nisäkkäiden välillä. Rakenteet muutoin eroavat huimasti, mutta näiden perusrakenteessa on vähemmän. Mielenkiintoista on tietysti se, että kun silmän kasvuun ohjaava geeni estetään, silmää ei kasva. Mutta jos se siirretään jänikseltä kärpäselle, ei synny jäniksen silmää vaan kärpäsen silmä. Kuitenkin samanlaiset muutokset aikaansaavat samankaltaisia muutoksia.

Eroja on tietysti vähän, koska muutos tässä on merkittävä. Iso muutos tarkoittaa myös sitä, että mitä sopeutuneempi yksilö on, sitä helpommin muutos on myös helposti tuhoisampi.
1: Tätä voi kuvitella siten että yritämme tarkentaa tai sumentaa kuvaa kaukoputkella: Jos tarkennamme sellaisella tarkentimella, jossa polttopiste ja muut ominaisuudet muuttuvat paljon, päästään tietysti nopeasti tiettyyn rajaan asti. Pienemmällä tarvitaan enemmän veivaamista. Mutta jos halutaan saada oikein erityisen tarkka, on selvä että jonkin rajan jälkeen isosti muuttava saadaan tositarkaksi vain tuurilla. Sen sijaan pienemmät muutokset ovat tässä hyviä.

Toisaalta elimetkin rakennetaan samoilla geeneillä. Esimerkiksi silmä kehittyy Pax-6 -geenin kautta. Walter Gehringin tutkimuksissa esimerkiksi kärpäsen silmän ohjaukseen liittyvään geenin virhe oli tuttu ihmisilläkin. Ihmisillä silmän iiris puuttui. Ja kun "silmägeenejä" laitettiin aktivoitumaan muualla ruumiissa, saatiin silmiä syntymään esimerkiksi siipiin tai jalkoihin. (Geenit ohjaavat toisia geenejä, niillä on sekä funktio että konteksti.)

Tietenkin sihen liittyy muutakin genetiikkaa. Valtaosa muutoksista syntyy siten että jonkin geenin toiminta aktivoidaan tai suljetaan jossain yhteydessä. Samoin signaalireitit, jossa solut sekä lähettävät että vastaanottavat erilaisia proteiineja, jotka vaikuttavat asioihin, voivat muuttua ja aikaansaada rakenteisiin muutosta. (Ideani ei ole kertoa kaikista, en edes osaisi. Eikä varmasti kaikki tiedä kaikkea. Ideani on tuoda esiin taustalla oleva "perusajatus".)

Evoluution kannalta tämä on tärkeää, koska symmetria, samanlaisten rakenteiden toistumat sekä polaarisuus ovat kahta asiaa (1) Ne ovat yleisiä eläinkunnassa. (2) Ne ovat toistorakenteita. Rakenteen monistuminen, karsiutuminen ja olemassa olevan yhden tai useamman raajan muodon muotoilu päästävät pitkälle. Tiedämme tämän, koska näin eläimet rakentuvat niin. Samalla tiedetään siitä millä tavalla evoluution on toimittava. Kun tajutaan, miten tietyissä paikoissa olevat erot vaikuttavat, ymmärretään miten eliöillä on samanaikaisesti erilaisia rakenteita mutta samankaltainen rakenteiden kehitystä ohjaava joukko.

Tätä kautta evoluution ideana ei tietenkään ole pelkästään tuottaa uusia raajoja, erilaistuminen tapahtuu useassa vaiheessa. Darwin ei osannut kuvitella miten silmä syntyy, koska puolikas silmä olisi ollut rikki. Evoluutio ei kuitenkaan tapahdu pelkästään kokonaisien rakenteiden kautta, jossa osat ilmestyvät lopullisessa muodossaan ja niiden lukumäärä vain lisääntyy. Siksi "ilmenemisen" lisäksi tarvitaan myös erikoistumista. Kun evoluutio voi koskea mitä tahansa osaa, olisi hassua vaatia että jokin osa olisi muuttumattomana alusta loppuun asti ilman että niiden yksityiskohdat muuttuvat. Evoluutiossa onkin hyvä muistaa myös monitoimisuus ja päällekkäisyys: Esimerkiksi esirapu on voinut käyttää eturaajaansa sekä tarttumisvälineenä että kävelyssä apuna, jolloin tarttumaedun ei tarvitse aluksi olla lopullisen tehoista (eli sen ei tarvitse kattaa hintaa, joka syntyy siitä että kävelyominaisuudesta luovutaan, koska siitä ei tarvitse luopua.)

perjantai 13. helmikuuta 2009

Eläimien (aika)järjestäminen.

Aristoteles teki varhaisimpia eläinten luokituksia. Hänellä oli tähän mielenkiintoinen periaate: Hän luokitteli eliöitä niiden ominaisuuksien mukaan, joita niillä oli. Sen sijaan luokitusta ei voitu tehdä puuttuvien ominaisuuksien kautta ; Tätä kautta esimerkiksi luokitus, jossa puilla ei ole höyheniä ja ihmisillä ei ole höyheniä olisi ollut hänen mukaansa väärä. Eläimet, joilla oli paljon samoja ominaisuuksia, olivat samaa luokkaa. Aristoteles jakoi eläimet vähän "Magick the Gathering" -korttien tapaan elemetteihin; Tuli, vesi, maa ja ilma. Kuuma ja kostea veri oli siksi "korkea" ominaisuus, ja kylmä kastemato oli vähemmän korkea eläin.

Linné taas luokitteli useatasoiseen hierarkiaan, jossa hierarkiat sisälsivät alaluokkia. Hierarkiat etenivät alaspäin. Luokittelussa hankalinta oli tietysti se, mitkä ominaisuudet olivat tärkeitä ja mitkä vähäisiä. Tämänkaltaisessa hierarkiassa nämä päätökset vaikuttavat kaikkiin sen yläpuolella oleviin hierarkioihin. Tätä taksonomista luokittelutapaa käytettiin melko kauan.

Charles Darwin muutti tätä luokitustapaa, ja ne etenivät alhaalta ylöspäin. Syntyi "lähisukulaisista" koostuvia sisäkkäisiä hierarkioita. Darwin ajatteli että tämä liittyi eliöiden sukulaisuuteen; Jos jollain eliöryhmällä oli erityinen piirre, sen jälkeläiset perivät sen, ellei se sitten katoa jostain alasukuhaarasta. Niinpä ominaisuudet muodostavat hierarkioita. Ernst Mayr jatkoi tätä luokitteluperiaatetta. Hän jakoi ominaisuudet kahtia: Oli kantamuodosta peräisin olevia säilyneitä ominaisuuksia (ancectral), ja sitten oli muuntuneisiin ominaisuuksiin perustuvia ominaisuuksia (derived). Näin esimerkiksi kalojen, lintujen ja nisäkkäiden selkäranka on ancestral ja maitorauhaset olivat nisäkkäille kehittyneet derived -ominaisuus, joka on sitten nisäkkäiden kesken periytynyt kaikkiin nisäkäsrotuihin (jolloin se on tältä kannalta ancestral.) Jako on tätä kautta aina näkökulmakeskeinen.
1: Tälle luokittelulle syntyi vaikeuksia konvergentin evoluution vuoksi; Esimerkiksi pussihukka näytti paljon enemmän sudelta kuin kengurulta, vaikka se oli läheisempää sukua kenguruille. Syynä oli se, että samankaltaiset valintapaineet muuttivat niiden rakennetta samanlaisiin tehtäviin soveltuviksi. Samasta syystä delfiinit ja kalat ovat hyvin samanmuotoisia, vaikka valaat tunnetusti ovatkin nisäkkäitä. Toisin sanoen, osat samanlaisista rakenteista ovat perittyjä ominaisuuksia, eli homologisia ominaisuuksia ja osa on vain samanlaiseen tehtävään eriytyneitä analogisia ominaisuuksia, nämäkin rakenteet ovat tarkastelunäkökulmariippuvaisia: Esimerkiksi linnun siivissä on luita jotka ovat homologisia lepakoiden "sormien" luiden kanssa, mutta siipenä niiden synty on analogisia. Feneetikkoja, jotka luokittelivat lajeja useiden ominaisuuksien mukaan, kritisoitiin ja heille esitettiin, että näitä ei voitaisi mitenkään erottaa toisistaan. Tällöin luokitus ei kertoisi yhteisestä sukulaisuudesta ja evoluutionäkökannan merkitys taksonomiassa itse asiassa katoaisi. Ja tästä seurasi mielenkiintosia filosofisia vaikeuksia: Jos evoluutiota ei voitu käyttää, voitiin periaatteessa mitä vain käyttää luokituksessa. Eläinten nimien aakkosjärjestys voisi esimerkiksi olla erittäin kätevä vaihtoehto.

Mayrin luokitelma ei saanut suurta suosiota. Sen sijaan Willi Hennigin kehittämä kladismi sai suosiota. Se korosti analogisten ja homologisten ominaisuuksien erottamista: Ainoastaan homologisia ominaisuuksia voitiin käyttää luokittelussa. Se asetti haasteen: Evolutiivisia puita olisi vain yksi. Ja systematiikan tehtävänä oli löytää se. Evoluution vähittäinen muutos joka etenee vanhemmilta jälkeläisille -ajattelu ennusti, että tälläinen puu tultaisiin löytämään. Analogiset ja homologiset ominaisuudet voitiin erottaa toisistaan vertailuryhmillä: Kun käytetään useita ominaisuuksia, tiedetään että jotkut kuuluvat johonkin ryhmään. Tätä kautta voidaan huomata, että pussieläimet ovat rakenteeltaan "tietyllä tavalla". Ja pussihukka kuuluu näiden rakenteiden vuoksi niihin, joten sen susimaiset rakenteet eivät ole suden sukulaisuudesta johtuvia. Kun luokituksia on paljon, voidaan aina vertailla ulkoryhmää ja sisäryhmää ja katsoa sitten miten samanlaisuudet kasvavat ja vähenevät suhteessa ulkoryhmään.
1: Tosiasiassa tämä luokitus ei varsinaisesti todista evoluutiota, mutta se rakentuu sen varaan: Homologia ja analogia voidaan erottaa heti, kun evoluutioprosessi oletetaan taustalle. Syy on siinä, että evoluutiolla on tietty prosessi. Jos lajinkehitys ei noudatakaan evoluutiota, niin silloin koko taksonominen luokittelusysteemi romahtaa.
2: Toinen ongelma on tietysti siinä, että periaatteessa sama ominaisuusryhmäkin voisi kehittyä sattumalta. Tämä on kuitenkin epätodennäköisempi tapahtuma: Oletus 1 sanoo, että muutos on tapahtunut kerran ja toinen sanoo että se on tapahtunut monta kertaa. Ja mitä epätodennäköisempi tapahtuma on, sitä epätodennäköisemmin se olisi tapahtunut monta kertaa. (Siksi esimerkiksi alkusyntyteoriassa on viisasta olettaa vain yksi yhteinen kantamuoto ; Jos yksinkertaisen elämän kerran syntyminen olisi "epätodennäköistä", tapahtuma jossa sen väitetään tapahtuneen monta kertaa, olisi vielä moninkertaisesti epätodennäköisempi. Toki jälkimmäinenkin on mahdollinen, mutta se vaatii mainitun luonteensa vuoksi enemmän todisteita. Toki voidaan teoriassa viitata johonkin ainutlaatuiseen olosuhteeseen, jossa useat eliöt ovat syntyneet ja joka ei ole toistunut sittemmin, mutta tästä olosuhteesta pitäisi saada todisteita ja havaintoja.) Selitystä tarvitaan, koska tässä systeemissä oletetaan asioita. Sen hyvyys otetaan samalla tavalla kuin muutkin tieteen asiat yleisestikin; Oletetaanhan siinä sujuvasti sellaisiakin asioita, kuten että maan vetovoima toimii huomennakin. Näitä arvioidaan esimerkiksi Einsteinin kovasimen avulla; Asiat on selitettävä niin vähillä oletuksilla kuin mahdollista, mutta ei sen vähemmillä. Periaate on se, että valitaan vähemmän epävarmuuksia ja epätäsmällisyyksiä sisältävä malli. Siksi ennuste siitä että huomenna tuulee on hyvä: Jossain päin maailmaa sataa varmasti. Mutta sen sijaan ennuste että huomenna Korsossa tuulee ja se kaataa kello 19.30 Maauunintieltä lipputangon, joka nasahtaa kallooni on sekin mahdollinen, mutta huono: Se on toki tarkka, mutta se sisältää paljon epävarmuutta, joten se on huono. Ensimmäinen ennuste taas on hyvä, koska siinä ei ole epävarmuutta, mutta se kuitenkin sanoo jotain: Jos maan päällä onkin tyyni päivä globaalisti, esitetty väite on väärä.

Molekyylisystematiikka sitten muutti luokittelua dramaattisesti. Kun konvergentissä evoluutiossa syntyy ominaisuus, se voi syntyä millä vain tavalla joka sen toteuttaa. Se toki ottaa todennäköisimmin jonkun "hyvän lähellä olevan" version. Mutta kun on tunnettua että "sama ulkoasu voi syntyä eri geeneillä", saadaan kladismiin varmistetesti. Sillä evoluutio kuitenkin muuttaa geenejä, eikä ilmiasua. Siksi kladistisen puun ja geenien pohjalta tehdyn vertailun pohjalta on hyvä tehdä ennusteita. Geneettistä etäisyyttä voitiin ruveta arvioimaan. Ensimmäinen oli Jukesin ja Cantorin malli, jossa ajateltiin että mikä tahansa geneettinen järjestys on mahdollinen (A,T,G,C -järjestykset ovat yhtä todennäköisiä).:

I(t)=(1/4)+(3/4)e-8αt

Jos nukleotidin muuttavien mutaatioiden todennäköisyys = α, sellaisten mutaatioiden osuus kahdessa DNA sekvenssissä, jotka ovat samoja sekä nyt että t sukupolvea sitten (I). Tämä korvattiin pian Kimuran kahden parametrin mallilla, jossa muutokset A-G ja C-T saavat eri painoarvot, kuin muutokset A-C ja T-G. Syynä on se, että kemiallisen rakenteensa vuoksi ensimmäiset ovat yleisempiä kuin jälkimmäiset. (Tämä perustuu havaintoihin.) Ideana oli se, että pienempi ero kertoo todennäköisemmin läheisemmästä sukulaisuudesta kuin sattumalta olevaksi. Eri menetelmät vaikuttivat tapaan, jolla aineisto analysoitiin. Tämän vuoksi luotiin esimerkiksi Richard Dawkinsin "the Blind Watchmaker" -kirjassa (s 272) parsimony principlen, jossa "se reitti mikä on 'yleisin', on todennäköisin." Periaatetta tarvitaan vain jos puut eivät ole aivan identtiset vaan että niissä on pieniä eroja ; Puuta sekoittavat yksittäiset mutaatiot esimerkiksi kun mutaatioita on paljon voi samaan kohtaan eri linjoissakin osua samoihin kohtiin mutaatioita, seksuaalinen lisääntyminen, sukusiitos ja muut vastaavat elementit. Tämän vuoksi kaikissa puissa on eroja -joiden lähteet siis tunnetaan- ja niistä tehdään "keskiarvoistaminen".
1: Menetelmä voi tuntua intuitiivisesti oudolta, mutta se on loogisesti hyvä. Elliot Sober vertasi sitä siihen, että jos nukkuja herää yöllä kovaan meteliin ja arvaa että äänen lähde on tonttujen juhlat. Tämä hypoteesi on epätodennäköinen. Mutta sen sijaan jos henkilö huomaa olevansa tonttujen bileissä, hän voi erittäin hyvin odottaa kuulevansa melua, ja tällöin tämä odotus on viisas.

Kuitenkin havaittiin myös, että eri menetelmät tietyistä eroistaan huolimatta tuottavat suuria aineistomääriä tutkittaessa yhtenevät puut. Mutta ei kaikkialla. Tämä luokittelu tuotti vaikeuksia, se ei sopinut aivan kaikkiin eliöihin. Itse asiassa se ei sopinut suurimpaan osaan eliöitä.

Sillä vaikka joillain organismeilla, kuten ihmisillä, DNA -materiaali tulee lähes täysin pelkästään perittynä vanhemmilta, jolloin puun piirtäminen on luontevaa. Kuitenkin yksisoluisilla tunnetaan ilmiö, jossa geenejä voi siirtyä organismista toiseen, ja jopa eri bakteerilajista toiseen. Tätä ilmiötä kutsutaan horisontaaliseksi geeninsiirroksi, ja se tarkoittaa esimerkiksi transformaatiota, jossa DNA tulee solun ulkopuolelta, konjugaatio, jossa DNA:n siirtyy solusta toiseen, bakteerilta toiselle ja transduktio jossa DNA siiryy bakteriofagien välityksellä. Ford Doolittle esittikin, että perinteinen tiukan puumainen malli ei tämän vuoksi toimi, vaan bakteerien kohdalla horisontaaliset geeninsiirrot ovat niin yleisiä, että niiden kohdalla ei voida tehdä mitään yksiselitteistä puuta. Kuitenkin kun tutkimus oli panostanut monisoluisiin eliöihin, joissa horisontaaliset geeninsiirrot ovat harvinaisempia, niiden luokittelussa ei ole tehty vastaavaa virhettä. Ja juuri siksi niiden välille voidaankin piirtää yhteneväisemmät puut.

Onkin jännittävää, miten evoluutioteorian pohjalle rakentuneet puut ovat sellaiset, kuin niiden voi odottaakin olevan jos ne ovat rakentuneet niiden mekanismien avulla, joita luonnossa on havaittu; Sotkuisuutta luokittelussa on juuri siellä, missä voisi havaittujen prosessien tunnettujen mekanismien ennustetavien vaikutusten kautta odottaakin. Suuruusluokat voivat toki yllättää yksityiskohtien kohdalla, mutta päälinjat pitävät hyvin.

lauantai 1. marraskuuta 2008

Henki ja molekyylit.

"We only have to dance! / Do dummies fall the trance?"
(Nightcore, "Dam Dadi Do")

Käpyrauhasen sijainti syvällä aivoissa on perinteisesti herättänyt paljon filosofista kiinnostusta, jonka kautta siihen on liitetty erilaisia myyttisiä, taikauskoisia ja metafyysisiä teorioita:
1: Descartes piti sitä sielun valtaistuimena; Hän perusteli tämän sillä että siihen aikaan sille ei tiedetty toimintoa. Siksi Descartes ajatteli että käpyrauhasen toiminto liittyy sieluun. Tämä on sinänsä erikoinen, eikä ainakaan kovin empiirinen, perustelu, että hän ei suinkaan osoittanut että elin todella toimisi sielun kautta.
2: New Agessa elää uskomus jonka mukaan käpyrauhanen on surkastunut "kolmas silmä", joka liittyy paranormaaleihin psyykkisiin kykyihin kuten telepatiaan. He perustelevat tämän sillä että sikiönkehityksessä tapahtuva käpyrauhasessa tapahtuvan kuroutuminen muistuttaa silmän syntyä. Tämä ei ole sinällään mikään ihme, koska tuatarojen päälaella oleva kolmas silmä, joka aistii vain valoa, on sen kanssa homologisia, ne syntyvät samasta rakenteesta.
3: Hindulaisuuden ja joogan ystävät ovat liittäneet käpyrauhasen otsachakraan ; Vaikka chakrojen keskittymäpisteet eivät välttämättä liity konkreettisiin elimiin, osa spiritualisteista pitää yhteneväisyyttä todisteena siitä että käpylisäke toimintoineen on tunnettu ennen. Se on liitetty myös unien näkemiseen, ja tajuntaan. Tätä faktaa ovat sitten tulkinneet sekä "fyysiseen tietoisuuteen" että "henkiseen tietoisuuteen" luottavat. Kuitenkaan tätä ei voida pitää aitona ennusteena, koska tietyn konkreettisen elimen löytäminen ja yhdistäminen chakraan ei ole välttämätöntä: Chakraoppi ei kumoudu tai ole ongelmissa jos elintä ei löydy.

Käpyrauhanen tunnetaan ennen kaikkea melatoniinista, joka vaikuttaa nukkumiseen. Käpyrauhasen myös muokkaa serotoniinista dimetyylitryptamiinia eli DMT:tä. Se on vahva hallusinogeeni, aistiharhoja aikaansaava aine. (Melatoniinilla ei sen sijaan ole havaittu hallusinoivia ominaisuuksia suurissakaan pitoisuuksissa.) DMT on hallusinogeeni, jota elimistö toisaalta myös tuottaa itse ja myös metabolisoi sitä itse. DTM:ää tavataan myös useissa huumaavissa kasveissa ja ihmisestä itsestäänkin. Monet Etelä-Amerikan kasvit sisältävät sitä ja sitä sisältäviä kasveja on perinteisesti käytetty hallusinoivien vaikutusten vuoksi. DMT liittyy unien näkemiseen sekä psykoosien syntymiseen. Tämä ei sinänsä ole ihme ; Jos DMT:tä otetaan keinotekoisesti, syntyy aistien herkistymistä. Myös aika- ja paikkakäsitys ja minäkuva muuntuvat. DMT toimii hieman samaan tapaan kuin LSD, paitsi että DMT:n vaikutusaika on todella lyhyt.

Rick Strassmanin -mielestäni enemmän populaareille ihmisille kuin tiedemaailmalle suunnatussa- kirjassa "DMT: The Spirit Molecule. A Doctor’s Revolutionary Research into the Biology of Near-Death and Mystical Experiences." hän teki tutkimuksen DMT:llä aikaansaaduista transpersoonallisista kokemuksista. Hän sai erikoisluvan yhdysvaltojen huumevirastolta (DEA) kokeeseen, joka tehtiin vapaaehtoisilla koehenkilöillä. Pohjalla oli se, että kokemuksista voi kertoa vain koehenkilö. Kokeissa käyttäjille annettiin DMT;tä ja nämä kuvailivat mitä heidän aisti ja tunnemaailmassaan tapahtui. Toki mukana oli myös fysiologisten mittausten tekemistä; Katsottiin mitä mitattavia muutoksia DMT aikaansai kehossa. Hänen mukaansa DMT -kokemukset ovat voimakkaampia ja vaikeammin ohjattavia kuin LSD -kokemukset. Myös värejä ja geometrisiä kuvioita nähdään ja kuullaan erilaisia kuulohallusinaatioita. Syntyy myös tunne tajunnan häviämisestä, "sielun irtautumisesta ruumiista" sekä tunteita ulkopuolisen henkiolennon läsnäolosta. Strassmann jaotteli kokemukset kolmeen luokkaan:
1: Henkilökohtaiset kokemukset, jotka käsittelivät ajatuksia ja kokemuksista sekä kokemukset oman kehon fysiologiasta.
2: Transpersoonalliset kokemukset, joissa esiintyy hengellisiä kokemuksia sekä kokemuksia kuoleman läheisyydestä.
3: Kolmannessa luokassa olivat tuntemukset kohtaamisista erilaisten näkymättömien olentojen, kuten henkien, enkelien, oppaiden ja humanoidien kanssa.
+: Koehenkilöillä oli melko paljon pelottavia kokemuksia ; Nämä taitavat olla tuttuja nimellä "Bad Trip".

Strassmanin koehenkilöt reagoivat asiaan eri tavoin, ja osa tunsi kasvaneensa henkisesti. Osalla kuolemanpelko väheni. Osa sai vahvan tunteen siitä että katolilaisuus oli Oikea Tie ja tapa Uskoa. Osalla ei ollut mitään muutosta.

Tämänkaltaisia asioita on tulkittu usealla eri tavalla:
1: Luonnollisesti shamanistiset New Agen kannattajat ovat aiheesta innoissaan. Heistä se, että DMT liittyy luonnolliseen tapaan aistia osoittaa että näiden aineiden aiheuttamat hallusinaatiot eivät ole harhoja vaan todellisuutta.
2: Skeptikkojen mielestä taas on luonnollista, että aine vaikuttaa juuri sen kaltaisesti ; Koska aistinelimemme tuottavat aistumukset joka tapauksessa tietynlaisiin reseptoreihin sitoutuvien tietynlaisten aineiden kautta, ei ole ihme että tätä reseptoria ärsyttämällä samalla tai samankaltaisesti toimivalla aineella aiheuttaa häiriöitä juuri siihen samaan kohtaan; Hallusinaatio on by definition väärintoiminta. Heistä tämä osoittaa että muidenkin vastaavien kokemusten takana voi olla esimerkiksi se, että käpylisäke vain erittää välistä ja eri henkilöillä eri määriä DMT:tä. (Tietenkään ei ole pakollista että kaikki vastaavat oireet syntyisivät DMT:stä. Se on hieman sama, kuin väittäisi että jos LDS aikaansaa hallusinaatioita, niin kaikki hallusinaatiot johtuisivat LSD:stä. Mikä ei tietenkään tarkoita sitä että jos joku hallusinoi, hän EI olisi ottanut LSD:tä. Takana voi toki olla jokin muukin huume.)
3: Monet uskovaiset ovat kuitenkin myös sitä mieltä että huumeet eivät aikaansaa "aitoja mystisiä kokemuksia". Huumeilla on vääristävä vaikutus, ja aito uskonnollinen kokemus taas on spontaani ; Tässä kohden ongelmaksi tulevat esimerkiksi meditaatio tai paastoaminen, unennäkö (jonka kautta entinen naapurini mm. piti juhlat kun oli kuullut Jeesuksen kertovan että hän pääsee taivaaseen) ja mietiskely, joiden kautta ruumis muuttuu, eivätkä kokemukset välttämättä ole välttämättä yhtään sen spontaanimpia kuin huumeidenkaan käytöllä tehdyt. "Toiset kehon toimintojen manipuloinnit vain ilmeisesti ovat tasa-arvoisempia kuin toiset."

Strassmanin hypoteesin mukaan DMT:tä erittyisi erityisen stressaavissa tilanteissa ja että tämä aikaansaa mystisiä kokemuksia. Hän yhdisti nämä Tiibetin buddhalaisien opetuksiin. Hän yhdistää muun muassa Tiibetin buddhalaisuuden opetuksen, jonka mukaan kestää 49 päivää ennen kuin sielu reinkarnoituu eli uudelleensyntyy, ja sen, että alkiotutkimuksessa on havaittu että ensimmäiset merkit käpyrauhasesta syntyvät 49 päivän jälkeen hedelmöityksestä. Tietenkin tähän liittyy myös rinnakkaisuniversumit, joita päästään tarkastelemaan huumeiden vaikutuksen alaisena, ja jotka eivät normaalisti näy kvanttifyysisistä syistä, pimeä aine, interferenssi, suprajohtavuus, WIMP -hiukkanen ja kvanttitietokoneet. Ja tietenkin totuus paljastuu, kun DMT -kokemuksien kohtaamisissa tavatut hahmot kertovat osanneensa odottaa kohtaamista ennalta ja toivottivat heitä tervetulleiksi. Toisin sanoen, hän harrastaa kvanttimystiikkaa, jossa New Age -oppeja selitetään tieteestä tutuilla termeillä. Hänestä DMT on todellisuustermostaatti; Mitä enemmän, sitä paremmin todellisuutta havainnoi. Siksi hän kutsui DMT:tä nimellä "spirit molecule".

Ongelmana tässä on tietenkin se, että vaikka jonkin kokemuksen synty tai huumeen toimintatapa selvitetään kemialliselta ja fysiologiselta tasolta kuinka hyvin tahansa, silti subjektiivinen merkityssisältö jää tavoittamatta. Tämä ei tietenkään tarkoita sitä, että kvanttimystinen tapa tekisi tästä subjektiivisesta objektiivista. Ongelmana on se, että mikään nykyään tunnettu metodi ei voi tätä eroa paljastaa: Ei ole tapaa erottaa onko hallusinaatio kohtaaminen aidon yliluonnollisen kanssa vai aistiharha. Tiedämme vain sen, että niiden subjektiivisia vaikutuksia ei voida lainkaan havaita ilman huumeita. (Toisaalta tiedämme että kaikki niiden havaitut syyt ovat aineellisia. Kuten on sanottu: "Sielu on keholle sitä mitä terävyys on veitselle. Terävyys ei toistaiseksi ole koskaan säilynyt veitsen tuhoutumisen jälkeen.")

Tähän filosofiaryppääseen voidaan liittää myös hieman toisenlainen ajatus. Ajatus hulluudesta; Tosiasiassa yhteisö määrittää sen, kuka toimii patologisesti ja kuka on hullu. Heillä ei ole aitoa pohjimmaista tietoa siitä mikä on aktuaalisesti totta. Siksi esimerkiksi skitsofreenikkoa ei pidetä sairaana sen takia että tehtäisiin mittaus absoluuttiseen todellisuuteen ja verrattaisiin sitten keiden havainnot heittävät. Itse asiasssa skitsofreenikko ainoastaan ylittää yhteisön käsityksen/määritelmän "normaalista" ja "terveestä". (Tämä näkyy esimerkiksi jo siinä, että deluusiokin määritellään siten, että harhaluulo joka on yleisen uskonnon harhaluulo lakkaa olemasta deluusio.)

Tosiasiassa kuitenkin asia ei ole aivan näin yksioikoinen. On virhe väittää että kun todellisuus on pohjimmiltaan arvoitus, se tarkoittaisi samaa asiaa kuin täysin kartoittamaton ja tuntematon. Lääketiede ei tuudittaudu todellisuuden omistamisen harhaan eli uskoon siitä, että asiat tiedetään jo ja että ei voisi olla väärässä. Voimme tietää jotain. Toki tieto on aina sidottua tiettyihin periaatteisiin, mutta se ei tarkoita että mitä tahansa voitaisiin sanoa ja ne olisivat jotenkin yhtä perusteltuja. Tiede on toki kiistatta sosiaalinen konstruktio, koska sen jäsenet ovat ihmisiä. Se on toki aate, koska se toimii tiettyjen sääntöjen ja periaatteiden mukaan. Mutta se ei tarkoita että kaikki sosiaaliset konstruktiot antaisivat yhtä perusteltuja vastauksia. "Toiset selitykset vain ovat parempia kuin toiset eivät." Toki työllä erilaisista lähtökohdista saadaan rakennettua toisenlaisia tulkintamalleja. Mutta niiden väittäminen tieteeksi on virhe ; Itse asiassa aivan sama kun kutsuisi islaminuskoa kristinuskoksi sillä perustein että "molemmat ovat uskontoja". (Eikä tieteessä - vaikka onkin "havaintoihin sidottua" - ole edes kyse edes siitä, mitä enemmistö ihmisistä omilla aisteillaan havaitsee ja kokee. Mittauslaitteiden havaitsemat asiat ovat jo kauan aikaa olleet keskeisessä asemassa, ja sellaista mitä ihminen ei havaitse - esimerkiksi radioaaltoja voidaan tutkia tieteellisesti vaikka niitä ei kukaan näe paljailla silmillään.)

Tosiasiassa tutkimuksessa kun on valtava epätasapaino : Kun jotain tutkitaan, ne ovat kemiallisia ja fysikaalisia asioita. Kun taas "sielulliset elementit" lähinnä kritisoivat sitä, että "naturalistisista lähtökohdista" asiaa lähestyvät eivät onnistu täysin - ja kun henkisyyslähtökohdista asiaansa ajavat perustelevat, he viittaavat tutkimuksiin ja sitovat niiden päälle henkiset elementit ilman että tätä yhteyttä voitaisiin objektiivisesti testata. Hekään eivät siis onnistu siinä minkä puutteesta he moittivat. Ja kun he tuottavat tutkimusta, sekin on aina fysiikaalista, "naturalistista" maailmaa koskevaa. Tämä osoittaa että kaikki näkökulmat eivät ole ainakaan yhtä hedelmällisiä. (Toki tämäkin on tilanne "toistaiseksi". Olisi melkoisen arroganttia väittää että tutkimuksen esteet johtuisivat siitä että asiaa ei voitaisi koskaan selvittää. Tässä kohden tulee mieleen esimerkiksi se, että melko pitkään väitettiin aivan yleisesti että tähtien kaasurakennetta ei voitaisi koskaan tutkia koska ne ovat niin kaukana. Kuitenkin spektrianalyysissä eri alkuaineista jää tiettyjä viivoja, jotka voidaan tunnistaa ja selvittää mitä aineita siinä tosi kaukana olevassa tähdessä on.)

Kuten Ilkka Niiniluoto muistuttaakin kirjassaan "Tiede, filosofia ja maailmankatsomus: Filosofisia esseitä tiedosta ja sen arvosta" siitä että tiede ei voi olla automaattinen kritiikintorjuntakone, koska sen on pakko sisällyttää itsekriittisyyden kriteeri. Virhe syntyy väitteestä että tiede olisi lopullinen ja muuttumaton Totuus. Tosiasiassa se on aina vain "hyvin perusteltu uskomus" ja sitäkin vain mallia "toistaiseksi". Ja sen voima on siinä arkiajattelulle vieraassa ajatuksessa, että se voi osoittautua vääräksi. (Sillä loppujen lopuksi, mistä ihminen oppii, jos ei virheistään? Jos ei omistaan niin muiden.)